Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji perbedaan pengalaman diskriminasi di antara mahasiswa Papua yang menempuh pendidikan tinggi di institusi pendidikan keagamaan dan institusi pendidikan reguler di Pulau Jawa. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif dengan partisipan yang merupakan mahasiswa Papua yang telah belajar di Pulau Jawa selama minimal satu tahun. Teknik sampling yang digunakan adalah purposive sampling dengan pengumpulan data dilakukan dari 7 November hingga 20 Desember 2023. Pengalaman diskriminasi diukur menggunakan skala General Ethnic Discrimination (GED) yang telah diadaptasi ke dalam Bahasa Indonesia. Analisis data dilakukan menggunakan uji t independen yang menunjukkan perbedaan signifikan dalam frekuensi diskriminasi yang dialami antara mahasiswa di institusi pendidikan keagamaan (M=52.53, SD=23.33) dan di institusi reguler (M=41.49, SD=22.89), di mana mahasiswa di institusi pendidikan keagamaan mengalami frekuensi diskriminasi yang lebih tinggi (t=-2.193, p=0.031). Kesimpulannya, pengalaman diskriminasi di kalangan mahasiswa Papua berbeda berdasarkan pada jenis institusi pendidikan. Berdasarkan temuan ini, direkomendasikan adanya intervensi yang lebih fokus pada peningkatan kesadaran dan pengurangan praktik diskriminatif di institusi pendidikan keagamaan.