Permasalahan yang dibahas dalam penelitian ini adalah: 1) Bagaimana bentuk teks PJM yang bebas dari kesalahan sesuai dengan langkah kerja filologi? 2) Bagaimana struktur cerita PJM yang ditinjau melalui alur, tema dan amanat, penokohan, dan latar, serta keterkaitan antarunsur struktur cerita tersebut? 

Tujuan penelitian ini adalah: 1) Menyajikan bentuk teks PJM yang bebas dari kesalahan sesuai dengan langkah kerja filologi, 2) Memaparkan dan mendeskripsikan struktur cerita PJM yang ditinjau melalui alur, tema dan amanat, penokohan, dan latar, serta keterkaitan antarunsur struktur cerita tersebut. 

Bentuk penelitian ini adalah penelitian filologi dan analisis struktur dengan objek penelitiannya berdasar pada manuskrip atau naskah bertulis tangan. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan sifat deskriptif (deskriptif kualitatif). Jenis penelitian yang digunakan adalah studi pustaka atau library research. Sumber data dalam penelitian ini adalah naskah Panji Jayalêngkara Mêdhangkamulan (Panji) koleksi Staatsbibliothek zu Berlin dengan nomor katalog Ms.orient.quart. 353. Data dalam penelitian ini adalah teks Panji Jayalêngkara Mêdhangkamulan (Panji) dan suntingan teks Panji Jayalêngkara Mêdhangkamulan. 

Teknik pengumpulan data yang dilakukan berupa analisis isi (content analysis). Teknik analisis data menggunakan dua cara, yaitu 1) analisis data secara filologis meliputi deskripsi naskah, kritik teks, suntingan teks disertai apparatus criticus, dan sinopsis, 2) analisis struktur dengan menguraikan unsur cerita PJM berupa alur, tema dan amanat, penokohan, dan latar peristiwa. 

Simpulan dari penelitian ini adalah, 1) naskah Panji Jayalêngkara Mêdhangkamulan (Panji) nomor katalog Ms.orient.quart. 353 koleksi Staatsbibliothek zu Berlin ditemukan varian bacaan melalui proses kritik teks berupa lakuna (1343), adisi (260), dan substitusi (482). Hasil suntingan teks PJM yang telah terbebas dari kesalahan dapat dipertanggungjawabkan secara ilmiah. 2) Struktur cerita PJM terbagi menjadi empat bab, dengan klimaks utama pada bab keempat. Tema cerita PJM adalah asmara, pertarungan, dan reinkarnasi. Amanat dalam cerita PJM adalah bahwa memperjuangkan cinta membutuhkan pertarungan. Tokoh protagonis dalam cerita PJM adalah Jayalengkara, Subrata, dan Jayengrana, sedangkan tokoh antagonisnya adalah Jayasengara dan Lembu Suragana. Latar cerita PJM terdiri dari: a) latar tempat berada di Kerajaan Medhangkamulan, Majapait, Jenggala, dan kayangan, b) latar waktu dibagi menjadi siang dan malam, serta c) latar sosial dibagi menjadi bangsawan, bawahan, dan pembantu. Keterkaitan antarunsur tersebut bersifat timbal balik dan secara keseluruhan membentuk cerita PJM menjadi cerita yang utuh.