Nanas (Ananas comosus) menjadi komoditas esensial secara global. Analisis keragaman genetik dapat mendukung pemuliaan nanas, yang pada akhirnya meningkatkan kualitas nanas. Salah satu pendekatan yang digunakan adalah studi keragaman genetik menggunakan teknik molekuler dengan penanda RAPD. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik lima aksesi nanas dari Kebun Nanas Nusantara, Kudus, termasuk Nanas Blitar, Nanas Indralaya, Nanas Jambi, Nanas Siak Riau, dan Nanas Madu Subang. Sampel tanaman yang dikumpulkan dari setiap aksesi terdiri dari mahkota buah nanas. DNA diisolasi dari sampel tersebut kemudian diperbanyak menggunakan PCR dengan primer RAPD OPA-02, OPA-07, OPA-14, OPA-15, OPB-10, OPB-15, OPC-05, dan OPD-01. Hasilnya menunjukkan keragaman genetik yang rendah di antara lima aksesi nanas yang dievaluasi, dengan variasi dalam jumlah pita yang diperbanyak dan ukuran fragmen DNA. Primer OPA-15 pada 320bp, OPB-10 pada 430bp, OPB-15 pada 570bp, dan OPC-05 pada 480bp dapat digunakan sebagai primer spesifik untuk membedakan Nanas Madu Subang dari nanas lainnya. Dua kluster utama diidentifikasi melalui analisis UPGMA, dengan kluster 1 terdiri dari Nanas Blitar, Nanas Indralaya, Nanas Siak Riau, dan Nanas Jambi, yang menunjukkan kesamaan genetik yang tinggi di antara keempat aksesi ini. Sementara itu, Nanas Madu Subang terpisah ke dalam kluster 2, menunjukkan kesamaan genetik yang lebih rendah dengan aksesi lainnya.