Kendala dalam budidaya bawang merah menggunakan TSS (true shallots seed) seperti waktu budidaya yang lama, daya tumbuh yang rendah, dan teknologi budidaya yang terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk memilih varietas yang sesuai dengan aplikasi Zat Pengatur Tumbuh Tanaman (GA3 dan BAP) dan boron sebagai hormon dan unsur hara tambahan pada tanaman. Penelitian ini dilaksanakan di Gunungsari, Ngringo, Jaten, Kabupaten Karanganyar, Laboratorium Fisiologi dan Bioteknologi Tumbuhan Fakultas Pertanian, dan Laboratorium Sub Kimia Terpadu Universitas Sebelas Maret pada bulan Oktober 2023-Februari 2024. Metode yang digunakan adalah Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAL) dengan dua faktor dan tiga kali ulangan. Faktor pertama adalah varietas (Lokananta, Maserati, dan Sanren). Faktor kedua merupakan konsentrasi ZPT dan boron yang terdiri dari Tanpa ZPT dan boron), GA3 (0,05 g.L^-1)+BAP (0,025 g.L^-1)+ Boron (2 kg.ha^-1), GA3 (0,1 g.L^-1)+BAP (0,05 g.L^-1)+Boron (2 kg.ha^-1), GA3 (0,15 g.L^-1)+BAP (0,075 g.L^-1)+Boron (2 kg.ha^-1). Data pengamatan dianalisis menggunakan analisis ragam dengan taraf kesalahan 5%, dilanjutkan dengan Uji Jarak Berganda Duncan dengan taraf kesalahan 5%, dan analisis korelasi. Variabel yang diamati meliputi bobot segar brangkasan, bobot kering brangkasan, bobot kering akar, luas daun, laju pertumbuhan tanaman, laju asimilasi bersih, bobot daun khas, laju fotosintesis, laju tanspirasi, klorofil a, klorofil b, klorofil total, jumlah stomata, panjang stomata, lebar stomata, bobot segar umbi, bobot umbi kering.  Hasil menunjukkan bahwa  penggunaan varietas Maserati dengan aplikasi GA3 (0,1 g.L^-1), BAP (0,05 g.L^-1), dan Boron (2 kg.ha^-1) dapat menghasilkan laju asimilasi bersih paling baik (0,42 mg.cm^-2) pada 6-8 MST serta Varietas Maserati dengan aplikasi GA3 (0,05 g.L^-1), BAP (0,025 g.L^-1), dan Boron (2 kg.ha^-1) dapat menghasilkan laju fotosintesis paling baik (18,63 µmol.m^-2.s^-1) pada tanaman bawang merah. Varietas Maserati menghasilkan bobot daun khas pada paling baik (3,35 mg.cm^-2 ) dan Varietas Sanren dapat menghasilkan panjang stomata paling baik (31,786 µm) pada bawang merah. Berdasarkan hasil dapat disimpulkan bahwa, Varietas Maserati dengan aplikasi GA3 (0,1 g.L^-1), BAP (0,05 g.L^-1), dan Boron (2 kg.ha^-1) dapat menghasilkan laju asimilasi bersih paling baik pada 6-8 MST pada tanaman bawang merah.Varietas Maserati menghasilkan bobot daun khas pada 14 MST paling baik pada bawang merah.Konsentrasi ZPT dan boron tidak mampu meningkatkan pertumbuhan bawang merah asal biji botani.