Citra medis yang mengandung informasi sensitif membutuhkan perlindungan dengan tingkat keamanan yang lebih tinggi dibandingkan citra biasa, yang dapat dicapai melalui penerapan teknik kriptografi. Tantangan baru dalam keamanan data muncul dengan adanya quantum computing, sehingga Hidden Field Equation (HFE) menjadi salah satu solusi. Di samping itu, algoritma Paillier, yang populer dalam skema kriptografi kunci publik karena sifat homomorfiknya, juga digunakan secara luas untuk pengamanan data. HFE dan Paillier memiliki perbedaan mendasar dalam struktur dan metode dalam proses enkripsi dekripsinya. Penelitian ini melakukan implementasi dan analisis komparatif terhadap kedua algoritma untuk pengamanan data citra medis. Pengujian performa dilakukan dengan metrik NPCR, UACI, MSE, PSNR, dan Entropy. Serta keamanan sistem diuji melalui serangan Chosen Plaintext Attack (CPA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa algoritma HFE unggul dalam proses enkripsi dekripsi dengan kecepatan enkripsi yakni 98,17% lebih cepat dan 42,32% lebih cepat dalam proses dekripsi dibandingkan Paillier. Pada kualitas hasil enkripsi dekripsi, Paillier unggul dalam keacakan perubahan intensitas piksel enkripsi, serta kualitas hasil dekripsi yang sempurna dengan MSE 0 dan PSNR ∞. Namun dalam pengujian CPA, sifat homomorfik Paillier menyebabkan kerentanan, sedangkan HFE terbukti lebih kuat terhadap jenis serangan ini. Berdasarkan hasil ini, HFE lebih cocok digunakan untuk skenario yang memerlukan kecepatan dan ketahanan terhadap serangan, sementara Paillier lebih unggul dalam menjaga kualitas dekripsi.