Kedelai merupakan komoditas pangan penting dan menjadi sumber protein nabati bagi masyarakat Indonesia. Ketersediaan kedelai sering mengalami kendala akibat alih fungsi lahan pertanian. Ekstensifikasi dengan sistem agroforestri dapat dilakukan, akan tetapi adanya kemungkinan gangguan fisiologi menjadi permasalahannya. Gangguan fisiologi dapat diminimalisir dengan penggunaan varietas tahan dan penambahan pupuk hayati. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh biofertilizer rhizobium dan jenis varietas beserta kombinasinya dalam meningkatkan pertumbuhan, produksi, dan mengendalikan penyakit fisiologi kedelai. Penelitian ini dilaksanakan di KHDTK Gunung Bromo UNS pada bulan April-Juli 2024. Penelitian ini dilaksanakan pada lahan agroforestri dan lahan terbuka, menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL) Split Plot dengan dua faktor perlakuan (varietas dan dosis biofertilizer rhizobium). Hasil penelitian menunjukkan bahwa biofertilizer rhizobium dengan dosis antara 15-30 g.kg^-1 benih mampu meningkatkan tinggi tanaman, jumlah daun dan indeks mitigasi penyakit fisiologi. Varietas Dena-2 merupakan varietas yang tepat untuk ditanam pada lahan agroforestri. Varietas Anjasmoro tergolong varietas yang toleran terhadap penyakit fisiologi jika dibandingkan dengan varietas lainnya. Interaksi varietas Dena-2 dan dosis 15 g.kg^-1 mampu meningkatkan panjang akar. Interaksi antara anjasmoro dan dosis 30 g.kg^-1 mampu meningkatkan indeks mitigasi sebesar 70,87%. Interaksi antara Dena-1 dan dosis 15 g.kg^-1 menghasilkan indeks pemulihan hasil mencapai 72,16%.