Penelitian ini bertujuan untuk: 1) melakukan riset di Gunung Banyak sebagai bahan penyusunan e-modul fungi untuk memberdayakan keterampilan berpikir kritis siswa dalam implementasi deep learning; 2) menguji kevalidan e-modul fungi untuk memberdayakan keterampilan berpikir kritis siswa dalam implementasi deep learning; 3) menguji kepraktisan e-modul fungi untuk memberdayakan keterampilan berpikir kritis siswa dalam implementasi deep learning; dan 4) menguji keefektifan e-modul fungi untuk memberdayakan keterampilan berpikir kritis siswa dalam implementasi deep learning.Penelitian pengembangan e-modul fungi ini terdiri dari dua tahapan penelitian, yaitu penelitian deskriptif eksploratif mengenai hasil riset jamur makroskopis di Gunung Banyak dan Research and Development menggunakan prosedur ADDIE oleh Branch yang terdiri 5 tahap yaitu: 1) Analisis (analysis), 2) Desain (design), 3) Pengembangan (development), 4) Implementasi (implementation), 5) Evaluasi (evaluation), dilanjutkan dengan penelitian kuasi eksperimental yang bertujuan untuk mengetahui efektivitas e-modul terhadap pemberdayaan keterampilan berpikir kritis siswa.Subjek penelitian terdiri dari dua kelas X SMA Negeri 1 Tangen yang berjumlah 57 siswa. Teknik pengumpulan data melalui wawancara, angket, dan tes tulis. Instrumen yang digunakan dalam penelitian ini adalah lembar angket analisis kebutuhan, lembar pedoman wawancara, lembar angket validasi ahli media dan ahli materi, lembar angket kepraktisan, dan lembar soal keterampilan berpikir kritis berdasarkan indikator Ennis. Analisis data yang digunakan adalah deskriptif kualitatif, analisis kevalidan dan kepraktisan media, analisis efektivitas media melalui uji t-test dan n-gain.Hasil penelitian disimpulkan bahwa: 1) hasil riset jamur makroskopis di Gunung Banyak didapatkan 33 spesies dari divisi Ascomycota dan Basidiomycota, 4 class, 6 ordo, 12 famili, dan 22 genus ;2) e-modul yang dikembangkan memiliki kevalidan dengan kategori sangat valid digunakan berdasarkan aspek media dan materi; 3) e-modul yang telah dikembangkan termasuk kategori yang sangat praktis untuk digunakan sebagai media pembelajaran; 4) e-modul fungi berbasis riset di Gunung Banyak efektif untuk memberdayakan keterampilan berpikir kritis siswa berdasarkan hasil uji T dengan nilai Sig 0,000 < 0>gain score sebesar 0,52 yang menunjukkan kategori sedang.