Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengetahui ada tidaknya perbedaan dampak jenis modeling pada modul ajar fenomena endemic species berbasis PBL-learning progression terhadap keterampilan analisis dan interpretasi data, (2) mengetahui respon siswa terhadap penerapan modul ajar fenomena endemic species berbasis PBL-learning progression terhadap keterampilan analisis dan interpretasi data. Penelitian ini merupakasn penelitian kuantitatif, yaitu quasi experiment dengan desain penelitian pretest posttest control group design. Teknik pengambilan sampel dilakukan dengan cluster random sampling. Populasi penelitian ini, yaitu seluruh siswa kelas X di SMA Al Islam 1 Surakarta, dan sampel penelitian terdiri atas dua kelas, yaitu kelas eksperimen 1 (X.3) dan kelas eksperimen 2 (X.7). Teknik pengumpulan data dilakukan dengan tes (pretest-posttest), angket respon siswa, observasi, dan dokumentasi. Teknik analisis data yang digunakan, yaitu Independent Samples t-test, Paired Samples t-test dan Uji ANCOVA dengan alat bantu SPSS. Hasil penelitian menunjukkan: 1) Tidak terdapat perbedaan yang signifikan secara statistik terhadap keterampilan analisis dan interpretasi data antara siswa yang menggunakan modeling berupa concept map dan modeling melalui web SageModeler pada modul ajar fenomena endemic species berbasis PBL-LP, namun penerapan modul ajar fenomena endemic species berbasis PBL-LP secara keseluruhan terbukti berpengaruh signifikan terhadap peningkatan kedua keterampilan tersebut dalam masing-masing kelas eksperimen, 2) Siswa memberikan respon yang positif terhadap penerapan modul ajar fenomena endemic species berbasis PBL-LP, yang ditunjukkan dengan nilai persentase respon pada setiap indikator yang berada di atas 70%.