×
Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi variasi gen COQ9 ekson 1
sampai ekson 5 untuk selanjutnya dilakukan proses analisis dan pembandingan
untuk mengetahui mutasi yang terjadi pada setiap eksonnya,sehingga kemungkinan
dapat digunakan sebagai kandidat marker genetik sifat reproduksi pada Sapi Bali.
Penelitian ini menggunakan 60 sampel darah sapi Bali (30 jantan dan 30 betina).
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2024 hingga April 2025 dan
berlokasi di Laboratorium Produksi Fakultas Peternakan Universitas Sebelas Maret
Surakarta. Amplifikasi DNA Sapi Bali gen COQ9 ekson 1 menggunakan primer
forward ‘5 TGCGCGGGAGATAAGGCA ‘3 dan reverse ‘5
GGGGAAATGACTGCCTTAGGAAAA ‘3 dengan product size sebesar 911 bp,
ekson 2 menggunakan primer forward ‘5 AACACTAGGGAGTCGGTACTCAG ‘3
dan reverse ‘5 AACGTTAGCAGAGTTATTCCTTGGT ‘3 dengan product size
sebesar 847 bp, ekson 3 menggunakan primer forward ‘5
GCCTGGCAGAAAGGAGATAATAA ’3 dan reverse ‘5
GCTCAGATCTCTTCCATCACACTAC ‘3 dengan product size sebesar 953 bp,
serta ekson 4 dan 5 menggunakan primer forward ‘5
CCCTCTTCCCTGTCGGTACT ‘3 dan reverse ‘5
TGACACCTACTGTACCAGTGC ‘3 dengan product size sebesar 973 bp. Hasil
perbandingan sequence gen COQ9 pada sapi Bali memiliki nilai similarity yang
cukup tinggi dengan Bos javanicus, hasil sequencing gen COQ9 pada Sapi Bali
ditemukan titik mutasi pada ekson dan inton, mutasi terbagi menjadi tiga jenis, yaitu
transversi, transisi, dan insersi. Hasil analisis sequence asam amino juga ditemukan
mutasi dan terbagi menjadi tiga, yaitu missense mutation, silent mutation, dan
nonsense mutation. Penggunaan gen COQ9 ekson 1 sampai ekson 5 sebagai marker
genetik sifat reproduksi pada sapi Bali jantan dan betina diperlukan penelitian lebih
lanjut untuk proses asosiasi genetik dengan fenotip.