Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi variasi gen COQ9 ekson 1 sampai ekson 5 untuk selanjutnya dilakukan proses analisis dan pembandingan untuk mengetahui mutasi yang terjadi pada setiap eksonnya,sehingga kemungkinan dapat digunakan sebagai kandidat marker genetik sifat reproduksi pada Sapi Bali. Penelitian ini menggunakan 60 sampel darah sapi Bali (30 jantan dan 30 betina). Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2024 hingga April 2025 dan berlokasi di Laboratorium Produksi Fakultas Peternakan Universitas Sebelas Maret Surakarta. Amplifikasi DNA Sapi Bali gen COQ9 ekson 1 menggunakan primer forward ‘5 TGCGCGGGAGATAAGGCA ‘3 dan reverse ‘5 GGGGAAATGACTGCCTTAGGAAAA ‘3 dengan product size sebesar 911 bp, ekson 2 menggunakan primer forward ‘5 AACACTAGGGAGTCGGTACTCAG ‘3 dan reverse ‘5 AACGTTAGCAGAGTTATTCCTTGGT ‘3 dengan product size sebesar 847 bp, ekson 3 menggunakan primer forward ‘5 GCCTGGCAGAAAGGAGATAATAA ’3 dan reverse ‘5 GCTCAGATCTCTTCCATCACACTAC ‘3 dengan product size sebesar 953 bp, serta ekson 4 dan 5 menggunakan primer forward ‘5 CCCTCTTCCCTGTCGGTACT ‘3 dan reverse ‘5 TGACACCTACTGTACCAGTGC ‘3 dengan product size sebesar 973 bp. Hasil perbandingan sequence gen COQ9 pada sapi Bali memiliki nilai similarity yang cukup tinggi dengan Bos javanicus, hasil sequencing gen COQ9 pada Sapi Bali ditemukan titik mutasi pada ekson dan inton, mutasi terbagi menjadi tiga jenis, yaitu transversi, transisi, dan insersi. Hasil analisis sequence asam amino juga ditemukan mutasi dan terbagi menjadi tiga, yaitu missense mutation, silent mutation, dan nonsense mutation. Penggunaan gen COQ9 ekson 1 sampai ekson 5 sebagai marker genetik sifat reproduksi pada sapi Bali jantan dan betina diperlukan penelitian lebih lanjut untuk proses asosiasi genetik dengan fenotip.
