Sorgum berpotensi sebagai pangan alternatif tetapi rentan terhadap penyakit karat yang disebabkan oleh cendawan Puccinia sp. Untuk mengatasinya dikembangkan sorgum mutan. Penelitian ini bertujuan mengetahui keparahan penyakit karat pada tanaman sorgum mutan serta mengidentifikasi morfologi dan molekuler cendawan Puccinia sp. untuk pengembangan tanaman sorgum.Pengamatan keparahan dilakukan dengan skoring berdasarkan luas area yang ditutupi oleh lesi berupa bintik berwarna cokelat dengan skala penilaian 1-5. Identifikasi morfologi dilakukan secara makroskopis dan mikroskopis meliputi bentuk dan ukuran spora. Identifikasi molekuler dilakukan dengan amplifikasi DNA genom menggunakan teknik PCR. Hasil keparahan penyakit karat pada tanaman sorgum mutan menghasilkan satu genotip agak tahan yaitu M2 D11 (36%) dan tiga genotip lain bersifat rentan yaitu M2 D25 (47%), M2 D30 (53%), dan M2 D37 (52%). Hasil nilai keparahan penyakit karat pada penelitian ini tidak bisa digunakan sebagai data pendukung dalam pemuliaan sorgum tahan penyakit. Hal ini karena data yang diperoleh tidak sesuai harapan yaitu varietas kontrol rentan (Varietas Pahat) tidak menunjukkan keparahan yang lebih tinggi dari kontrol tahan (Varietas Bioguma), dan genotip uji justru lebih rentan dibanding induknya (Lokal Pulut). Karakteristik morfologi cendawan Puccinia sp. secara makroskopis meliputi munculnya pustul berwarna cokelat kemerahan, berbentuk bulat hingga elips dengan diameter 1 – 2 mm. Morfologi secara mikroskopis yaitu urediniospora berwarna kuning hingga oranye, berbentuk bulat hingga lonjong, dan berukuran 33,08 – 36,62 × 21,08 – 33,08 (x = 33,69 × 25,69 µm, n= 10). Hasil identifikasi molekuler yaitu teridentifikasi sebagai Papiliotrema sp., uncultured fungus, dan Cryptococcus sp. pada hasil sekuensing pertama dan Sorghum bicolor pada hasil sekuensing kedua.