Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi variasi gen COQ9 ekson 6 sampai 9 untuk kemudian digunakan sebagai kandidat penanda genetik terhadap sifat produksi pada sapi Bali. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2024 hingga April 2025 dan berlokasi di Laboratorium Produksi Fakultas Peternakan Universitas Sebelas Maret Surakarta. Penelitian ini menggunakan 60 sampel darah sapi Bali (30 jantan dan 30 betina). Amplifikasi DNA sapi Bali gen COQ9 ekson 6 menggunakan primer forward 5’CTGGAAGGAGTTTATCATGAGCTA’3 dan reverse 5’GGCTGTAGGGAGGGAGTTTC’3 dengan product size sebesar 986 bp. ekson 7 dan 8 menggunakan primer forward 5’CAGCCACATTGTCCAGAGGG’3 dan reverse 5’TGTGTGGCTATGATGCAGAGA’3 dengan product size sebesar 936 bp.  ekson 9 menggunakan primer forward 5’CTCTGCATCATAGCCACACA’3 dan reverse 5’ CCAAAACCCTGCTCTCTGCT’3 dengan product size sebesar 863 bp. Hasil perbandingan sequence gen COQ9 pada sapi Bali memiliki nilai similarity yang cukup tinggi dengan Bos Javanicus, hasil sequencing gen COQ9 pada sapi bali ditemukan  titik mutasi pada ekson dan intron, mutasi terbagi menjadi empat jenis, yaitu transversi, transisi, delesi, dan insersi. Hasil analisis sequence asam amino juga ditemukan mutasi, dan menjadi satu jenis mutasi yaitu, mutasi missense mutation. Penggunaan gen COQ9 ekson 6 sampai ekson 9 sebagai marker genetik sifat produksi pada sapi bali Jantan dan betina diperlukan penelitian lebih lanjut untuk proses asosiasi genetik dengan fenotip.