Burung merupakan satwa liar yang dapat ditemukan hampir semua ekosistem. Burung dapat menjadi indikator yang baik untuk perubahan ekologi lingkungan. Komunitas burung sangat dipengaruhi oleh aktivitas alih guna lahan hutan, termasuk pada lahan-lahan monokultur. Burung pantai merupakan spesies burung air yang secara ekologis kehidupannya bergantung pada keberadaan lahan basah. Muara sungai merupakan tempat bercampurnya dua massa air yaitu massa air tawar dan air laut yang dipengaruhi oleh sifat-sifat fisik perairan seperti musim, pasang surut, arus, suhu, dan salinitas. Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki banyak daerah aliran sungai di antaranya Sungai Opak dan Sungai Progo. Muara Sungai Opak dan Sungai Progo memiliki kondisi yang mendukung berbagai spesies hewan dan tumbuhan. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui keanekaragaman dan kelimpahan komunitas burung di habitat yang berbeda. Penelitian ini dilakukan di dua stasiun yaitu Muara Sungai Opak dan Sungai Progo dengan setiap stasiun dilakukan pada tiga titik pengambilan. Metode pengambilan data yang digunakan yaitu IPA (Indices Ponctuels d’Abondace atau Point Count). Penentuan titik pengamatan dilakukan purposive dengan radius pengamatan minimal 20 meter ke segala arah dari pengamat dengan lama waktu pada setiap titik adalah 30 menit. Dari data burung yang didapatkan dihitung indeks keanekaragaman jenis, indeks kemelimpahan, dan indeks kekayaan. Dilakukan juga analisis vegetasi muara sungai, serta diukur parameter lingkungan berupa suhu, kelembaban udara, intensitas cahaya, dan kecepatan angin. Keanekaragaman, kekayaan, dan kemerataan jenis burung dianalisis secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keanekaragaman jenis burung muara Sungai Progo lebih tinggi dibandingkan muara Sungai Opak. Kemerataan jenis burung kawasan muara Sungai Progo lebih tinggi dan berada dalam kriteria stabil dibandingkan kawasan Sungai Opak. Kekayaan jenis muara Sungai Progo lebih tinggi dibandingkan Sungai Opak.