Dinamika interaksi prima-1 dengan mutan p53 (g245s) di dua situs interaksi dengan energi docking berbeda
Penulis Utama
:
Camelia Agustina
NIM / NIP
:
M0304004
×
ABSTRAK
Mutasi G245S pada p53 berkaitan dengan kanker pada manusia mengingat mutasi tersebut menyebabkan sedikit perubahan konformasi pada p53 karena mutasi menghilangkan kemampuan p53 dalam menginduksi apoptosis. Hasil teoritis dan eksperimental baru-baru ini menunjukkan bahwa PRIMA-1 dapat mengembalikan perubahan konformasi pada mutan p53. Sepuluh situs potensial interaksi PRIMA-1 pada molekul 2JIY rigid telah ditemukan dengan studi docking sebelumnya. Untuk menyelidiki interaksi antara PRIMA-1 dan mutan p53 yang menginduksi pengembalian konformasi mutan p53 dan pengaruh situs interaksi yang berbeda pada mutan p53, simulasi MD dua kompleks 2JIY–PRIMA-1 pada dua situs dengan energi docking yang berbeda telah dilakukan. Dua situs tersebut berdasarkan hasil studi docking sebelumnya yang mana situs dengan energi docking paling rendah sebagai situs 1 dan situs dengan energi paling tinggi sebagai situs 2. Dua simulasi tambahan untuk 1GZH dan 2JIY juga telah dilakukan sebagai pembanding. Pada situs 1, posisi PRIMA-1 dipertahankan selama 2 ns waktu simulasi. Sedangkan di situs 2, posisi PRIMA-1 dipertahankan dalam waktu yang lebih lama yaitu 7 ns. Situs 2 adalah daerah kaya sistein sementara sistein di situs 1 jumlahnya tidak sebanyak di situs 2. Hasil penelitian kami memperlihatkan bahwa interaksi antara PRIMA-1 dengan daerah kaya sistein pada 2JIY diperlukan untuk mereaktivasi 2JIY. Hasil ini sesuai dengan hasil eksperimen Lambert et al. 2009. Cancer Cell, 15:376–388. Dengan demikian, 2JIY memiliki probabilitas yang tinggi untuk direaktivasi oleh PRIMA-1 melalui situs 2.
Kata kunci : dinamika interaksi, mutan p53, PRIMA-1, situs interaksi.
ABSTRACT
G245S mutation on p53 associated with human cancer as it causes minor conformational changes on p53 due to the mutation reveals the loss of its capability to induce apoptosis. Recent experimental and theoretical results show that PRIMA-1 was able to restore conformational changes on p53 mutant. Ten potential sites of PRIMA-1 interaction on rigid 2JIY molecule have been found by previous docking study. To investigate the interactions between PRIMA-1 and p53 mutant induce restoration of p53 mutant conformation and the effect of different interaction site on p53 mutant, MD simulations of two 2JIY–PRIMA-1 complex on two interaction sites requiring different docking energy have been performed. The two sites based on previous docking study results where the lowest docking energy site as site 1 and the highest docking energy site as site 2. Two additional simulations of 1GZH and 2JIY have been also performed as references. On site 1, PRIMA-1 position maintained during 2 ns simulation time. On the other hand, on site 2, PRIMA-1 position maintained in longer time (7 ns). Site 2 is cysteine rich region and site 1 is not as much of site 2. Our result demonstrates that the interaction between PRIMA-1 and cysteine rich region of 2JIY is needed to reactivate 2JIY. This result is in agreement with recent experimental result (Lambert et al. 2009. Cancer Cell, 15:376–388). Thus, 2JIY may restored by PRIMA-1 via site 2.
Key words : dynamic of interaction, mutant p53, PRIMA-1, interaction site.
×
Penulis Utama
:
Camelia Agustina
Penulis Tambahan
:
-
NIM / NIP
:
M0304004
Tahun
:
2010
Judul
:
Dinamika interaksi prima-1 dengan mutan p53 (g245s) di dua situs interaksi dengan energi docking berbeda
Edisi
:
Imprint
:
Surakarta - FMIPA - 2010
Program Studi
:
S-1 Kimia
Kolasi
:
Sumber
:
UNS-FMIPA Jur. Kimia-M.0304004-2010
Kata Kunci
:
Jenis Dokumen
:
Skripsi
ISSN
:
ISBN
:
Link DOI / Jurnal
:
-
Status
:
Public
Pembimbing
:
1. Dr. rer. nat. Fajar R. Wibowo, M. Si 2. Nestri Handayani, M. Si., Apt.
Penguji
:
Catatan Umum
:
5022/2010
Fakultas
:
Fak. MIPA
×
File
:
Harus menjadi member dan login terlebih dahulu untuk bisa download.
