Tujuan penelitian ini membahas saling keterikatan antara strategi inovasi, otonomi, dan sistem pengukuran kinerja yang mempengaruhi efektivitas dan efisiensi. Penelitian ini merupakan pengulangan dari penelitian Chung, Harrison, dan Reeve (2009) mengenai model saling ketergantungan desain organisasi untuk universitas Data diperoleh dengan menggunakan kuesioner yang disebar di Program Studi Universitas Sebelas Maret dengan menggunakan metode purposive sampling. Data yang diperoleh sebanyak 110, dan digunakan sebagai sampel. Hasil dari penelitian ini variabel otonomi dan sistem pengukuran kinerja memiliki hubungan signifikan dengan nilai RMSEA 0,000, Chi-Square 88,459, Df 102, CMIN/Df 0,867.