Stabilitas Konformasi Quadruple Mutan P53 M133l/V203a/N239y/N268d dan Pengaruh Prima-1 terhadap Wild Type P53
Penulis Utama
:
Anita Kusuma Dewi
NIM / NIP
:
M0303018
× Quadruple mutan p53 M133L/V203A/N239Y/N268D mampu
meningkatkan stabilitas termodinamika ikatan residu-residu yang mengalami
mutasi [Joerger, A. C., Allen, M.D., and Fersht, A. R., 2004, J. Biochem., 279: pp.
1291-1296]. Selain itu, struktur kristalografi sinar-x quadruple mutan ini mirip
dengan struktur wild type p53 ( kode PDB : wt-p53). Kemiripan struktur ini
melandasi studi dinamika konformasinya. Studi tersebut telah dilakukan dengan
menggunakan simulasi dinamika molekuler. Dinamika konformasi quadruple
mutan (kode PDB : QMT) mengungkap adanya pergeseran struktur yang
ditunjukkan oleh perubahan nilai RMSD selama simulasi 5ns berlangsung.
Pergeseran ini terutama disebabkan oleh fluktuasi pada loop L2 dan loop S7-S8.
Fluktuasi pada loop S7-S8 lebih signifikan dibanding dengan loop L2. Selain itu,
dinamika konformasi residu-residu penting p53 untuk berikatan dengan DNA
(yaitu lysin 120 dan arginin 248) tidak dapat membedakan quadruple mutan dan
wild type p53. Simulasi dinamika molekuler ini juga dapat menunjukkan pengaruh
PRIMA-1 terhadap wild type p53. Berdasarkan hasil dockingnya, PRIMA-1 tidak
cukup spesifik berinteraksi pada wild type p53. PRIMA-1 cukup stabil menempel
pada wild type p53 di area ß-sandwich. Keberadaan PRIMA-1 memberikan
dinamika konformasi yang berbeda antara wild type p53 kompleks dan
tunggalnya. Perbedaannya terletak pada residu histidin 116, glysin 245, dan
arginin 248. Menariknya lagi residu 186 yang terletak jauh dari penempelan
PRIMA-1juga mengalami pergeseran.
Kata kunci : dinamika molekul, mutan p53 QMT, PRIMA-1.
×
Penulis Utama
:
Anita Kusuma Dewi
Penulis Tambahan
:
1. 2.
NIM / NIP
:
M0303018
Tahun
:
2011
Judul
:
Stabilitas Konformasi Quadruple Mutan P53 M133l/V203a/N239y/N268d dan Pengaruh Prima-1 terhadap Wild Type P53
Edisi
:
Imprint
:
Surakarta - F.Mipa - 2011
Program Studi
:
S-1 Kimia
Kolasi
:
Sumber
:
UNS-F.MIPA Jur Kimia-M.0303018-2011
Kata Kunci
:
Jenis Dokumen
:
Skripsi
ISSN
:
ISBN
:
Link DOI / Jurnal
:
-
Status
:
Public
Pembimbing
:
1. Yuniawan Hidayat, M.Si. 2. Dr. Rer. Nat. Fajar R. Wibowo, M.Si
Penguji
:
Catatan Umum
:
Fakultas
:
Fak. MIPA
×
File
:
Harus menjadi member dan login terlebih dahulu untuk bisa download.
