Keragaman Genetik Inter- dan Intra- Spesies Sapi Peranakan Ongole (Po) dan Sapi Madura Berdasarkan Marka DNA Mikrosatelit
Penulis Utama
:
Nina Kurnianingrum
NIM / NIP
:
M0406042
×Mikrosatelit DNA merupakan salah satu penciri genetik yang sudah diaplikasikan secara luas dalam bidang peternakan. DNA mikrosatelit pada sapi telah banyak diaplikasikan untuk analisis kekerabatan dan peningkatan kualitas produk peternakan seperti textur daging yang lebih baik, kandungan proein yang lebih tinggi dll. Marka mikrosatelit merupakan sekuen DNA bermotif pendek dan diulang secara tandem (berurutan) dengan 2-5 unit nukleotida yang tersebar dan meliputi seluruh genom. Sampel darah dari 20 individu untuk masing-masing spesies diekstraksi dengan metode yang merujuk pada Wizard Genomic DNA Purification Kit dari Promega (USA). Amplifikasi dilakukan dengan Polimerase Chain Reaction (PCR) selama 32 siklus menggunakan 5 lokus mikrosatelit, yaitu BM1824, ETH225, INRA005, MM12 dan TGLA227. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mempelajari karakter genetik inter- dan intra-spesies PO dan Madura dengan menggunakan marka DNA mikrosatelit. Hasil penelitian terhadap karakter genetik spesies PO dan Madura ditunjukkan dengan hasil perhitungan terhadap Na (Observed number of alleles), Ne (Effective number of alleles), I (Shannon's Information index), OHm (Observed Homozigocity), Ehm (Expected Homozigosity), EHt (Expected Heterozigosity), OHt (Observed Heterozigocity), PIC (Polymorphism Information Content) yang dikalkulasi menggunakan program POPGENE versi 1.31. Data menunjukkan terdapat keragaman genetik intra- dan inter- spesies PO dan Madura. Nilai rata-rata Shannon’s information index semua lokus mikrosatelit untuk Sapi PO sebesar 0,76 sedangkan untuk Sapi Madura sebesar 1,12. Sedangkan rata-rata I inter spesies sebesar 1.03. Nilai rata-rata PIC (Polymorphism Information Content) intra spesies Sapi PO sebesar 0,43dan Sapi Madura sebesar 0,63. Sedangkan nilai rata-rata PIC inter spesies sebesar 0,57. Dapat dikatakan semua lokus memenuhi standar untuk dianggap informatif dalam pengkajian populasi genetik karena memiliki nilai PIC > 0,5 terutama untuk intra spesies Madura. Kata Kunci: Sapi PO, Sapi Madura, diversitas genetik, DNA mikrosatelit
×
Penulis Utama
:
Nina Kurnianingrum
Penulis Tambahan
:
-
NIM / NIP
:
M0406042
Tahun
:
2011
Judul
:
Keragaman Genetik Inter- dan Intra- Spesies Sapi Peranakan Ongole (Po) dan Sapi Madura Berdasarkan Marka DNA Mikrosatelit
