Dalam suatu rumah sakit dibutuhkan beberapa macam sistem yang digunakan untuk mendukung aktivitas-aktivitas yang dilakukan instansi tersebut. Salah satu sistem yang diharapkan dapat menunjang keberhasilan rumah sakit untuk dapat mencapai tujuannya adalah sistem penggajian. Sistem ini memerlukan perhatian khusus karena menyangkut kelangsungan hidup rumah sakit dan kesejahteraan karyawan pada rumah sakit tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui bagaimana sistem penggajian yang diterapkan dalam RSJD Dr. RM.Soedjarwadi Klaten dan untuk mengetahui apakah sistem penggajian pada RSJD Dr. RM.Soedjarwadi Klaten sudah efektif dan efisien. Sistem informasi akuntansi penggajian merupakan salah satu dari sistem informasi akuntansi yang setiap periodik harus dianalisis untuk mengetahui apakah sistem informasi akuntansi penggajian tersebut telah memenuhi informasi yang dibutuhkan oleh pimpinan instansi tersebut. Informasi tersebut antara lain adalah berapa jumlah karyawan pada rumah sakit tersebut, berapa orang yang yang belum mendapat tunjangan-tunjangan  karyawan, dan lain-lain.  Kebijakan  sistem akuntansi penggajian pada RSJD Dr. RM. Soedjarwadi Klaten ditentukan oleh Pemerintah Daerah Propinsi Jawa Tengah.Sistem penggajian pada RSJD Dr. RM. Soedjarwadi Klaten terdiri dari berbagai bagian yang terkait dalam sistem penggajian. Bagian-bagian tersebut antara lain bagian kepegawaian, bagian pembantu pemegang kas gaji pegawai, bagian pencatat pembukuan, bagian pengguna anggaran/pemegang kas, dan bagian akuntansi. Fungsi kepegawaian mempunyai fungsi untuk pengangkatan pegawai, kenaikan pangkat pegawai, dan sebagainya. Fungsi pembantu pemegang kas gaji pegawai mempunyai fungsi untuk pembuatan dokumen-dokumen yang digunakan dalam sistem penggajian dan melakukan pembayaran gaji kepada pegawai. Fungsi pengguna anggaran/pemegang kas mempunyai fungsi untuk mengotorisasi dokumen yang dibuat oleh fungsi pembantu pemegang kas gaji pegawai, menyerahkan dokumen tersebut kepada Gubernur Jawa Tengah Up. Kepala Biro Keuangan, dan membuat cek atas dropping gaji dari Gubernur Jawa Tengah Up. Kepala Biro Keuangan. Bagian pencatat pembukuan berfungsi untuk mencatat dokumen-dokumen ke dalam berbagai buku yang telah tersedia di rumah sakit. Bagian akuntansi berfungsi untuk mencatat rekap gaji secara tahunan. Hasil penelitian pada RSJD Dr. RM.Soedjarwadi Klaten berupa Kelebihan dan Kelemahan dari sistem penggajian yang diterapkan pada RSJD Dr. RM.Soedjarwadi Klaten. Hasil penelitian ini diharapkan bisa menjadi masukan bagi RSJD Dr. RM.Soedjarwadi Klaten untuk lebih meningkatkan mutu pelayanannya.