Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan menganalisis pengaruh mutasi auditor, independensi dan pengendalian mutu kinerja pemeriksaan terhadap kualitas audit sektor publik. Populasi penelitian ini adalah auditor (pemeriksa) BPK RI dengan sampel penelitian ketua tim dan anggota tim pemeriksaan Laporan Keuangan Pemerintah Daerah (LKPD) yang pernah mengalami mutasi, dan diperoleh sampel sebanyak 127. Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutasi auditor berpengaruh positif signifikan terhadap independensi. Mutasi auditor berpengaruh positif signifikan terhadap kualitas audit. Independensi memperkuat pengaruh mutasi auditor terhadap kualitas audit. Perencanaan pemeriksaan tidak berpengaruh terhadap kualitas audit. Pelaksanaan pemeriksaan berpengaruh terhadap kualitas audit. Supervisi dan review berpengaruh terhadap kualitas audit. Pelaporan hasil pemeriksaan tidak berpengaruh terhadap kualitas audit. Pemantauan tindak lanjut pemeriksaan berpengaruh terhadap kualitas audit. Evaluasi pemeriksaan berpengaruh terhadap kualitas audit. Kata kunci: kualitas audit, mutasi auditor, independensi dan pengendalian mutu kinerja pemeriksaan