Penelitian ini bertujuan untuk menguji perbedaan kinerja keuangan kepala daerah antara daerah induk dan daerah otonom baru. Penelitian menggunakan beberapa rasio kinerja keuangan, antara lain: derajat desentralisasi, rasio kemandirian, rasio efisiensi, current ratio, debt to equity ratio. Penelitian ini menggunakan data sekunder pada periode pengamatan tahun 2007-2011. Populasi yang digunakan dalam penelitian ini mencakup seluruh pemerintah daerah di Indonesia dengan kriteria yang telah ditetapkan. Metode yang digunakan adalah purposive sampling. Sampel dari penelitian ini adalah 46 daerah induk dan 35 daerah otonom baru untuk tahun pertama anggaran, serta 48 daerah induk dan41 daerah otonom baru untuk tahun kedua anggaran. Peneliti menggunakan model uji beda dengan bantuan software SPSS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan kinerja keuangan pada derajat desentralisasi, rasio kemandirian, rasio efisiensi, dan current ratio. Sementara itu, tidak terdapat perbedaan kinerja keuangan pada debt to equity ratio.