Penelitian ini bertujuan untuk membuktikan secara empiris faktor-faktor yang dapat mempengaruhi besarnya nilai temuan kerugian daerah pada laporan keuangan pemerintah daerah yang dilihat dari karakteristik auditor dan auditee. Metode pengambilan sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode purposive sampling. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah sebanyak 122 pemerintah kota/kabupaten yang menyusun laporan keuangan pemerintah daerah pada tahun 2012 dan diaudit oleh Badan Pemeriksa Keuangan pada tahun 2013. Penelitian ini menggunakan analisis regresi linear berganda dengan terlebih dahulu melakukan uji asumsi klasik menggunakan Statistical Package The Social Science (SPSS). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ukuran pemerintah daerah, opini laporan keuangan, anggaran belanja daerah dan gender pada suatu tim audit memiliki pengaruh terhadap besarnya nilai kerugian daerah yang ditemukan oleh auditor Badan Pemeriksa Keuangan pada pemeriksaan laporan keuangan pemerintah daerah. sedangkan variabel lain yaitu jumlah SKPD, latar belakang pendidikan auditor, kemahiran profesional serta pengalaman kerja auditor tidak mempengaruhi besarnya nilai kerugian daerah yang ditemukan dalam pemeriksaan laporan keuangan pemerintah daerah.