Penelitian ini betujuan untuk melakukan perbandingan pengaruh faktor fundamental Bank Syariah dengan Bank Konvensional di Indonesia pada periode 2007-2012 dengan menggunakan rasio keuangan. Rasio keuangan yang digunakan terdiri dari CAR, ROA, ROE, NIM dan LDR (dependen).. Data yang digunakan dalam penelitian ini diperoleh dari ICMD dan Laporan Keuangan Publikasi Bank Syariah tahun 2007 hingga 2012 yang diterbitkan oleh masing-masing Bank yang bersangkutan. Setelah melewati tahap purposive sample, maka sampel yang layak digunakan sebanyak 7 sampel, 4 Bank Syariah (Bank Syariah Mandiri, Bank BRI Syariah, Bank Bukopin Syariah, dan Bank Muamalat), dan 3 Bank Konvensional (Bank BRI, Bank Cimb Niaga, dan Bank Mandiri). Pengujian menggunakan analisis regresi dengan menggunakan program SPSS. Analisis yang dilakukan menunjukkan bahwa rasio CAR berpengaruh negatif. Sedangkan ROA, ROE dan NIM berpengaruh positif terhadap resiko likuiditas. Dan terdapat perbedaan yang signifikan pada kedua perbankan tersebut yaitu pada rasio CAR-nya.