Tujuan dari penelitian ini ialah untuk menguji pengaruh ukuran, umur administratif pemerintah daerah, jumlah pendapatan asli daerah, jumlah SKPD dan jumlah penduduk terhadap kelemahan pengendalian intern atas laporan keuangan pemerintah daerah. Metode pengambilan sampel yang digunakan ialah purposive sampling. Sampel penelitian terdiri dari 157 pemerintah kabupaten/kota yang menerbitkan Laporan Keuangan Pemerintah Daerah tahun 2012 dan telah diaudit oleh Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia pada tahun 2013. Dalam penelitian ini digunakan alat analisis regresi linier berganda dengan melakukan uji asumsi klasik yang meliputi uji normalitas data, uji multikolinieritas, uji autokorelasi, dan uji heteroskedastisitas dengan menggunakan software Statistical Package The Social Science (SPSS). Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah pendapatan asli daerah, jumlah satuan kerja perangkat daerah (SKPD), dan jumlah penduduk mempunyai pengaruh signifikan positif terhadap kelemahan pengendalian intern, sedangkan ukuran pemerintah daerah, umur administratif pemerintah daerah tidak berpengaruh terhadap kelemahan pengendalian intern.