Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui: 1) manakah yang mempunyai prestasi belajar matematika yang lebih baik, model MMP saintifik, TPS saintifik atau klasikal saintifik, 2) manakah yang mempunyai prestasi belajar matematika yang lebih baik, siswa yang memiliki kecerdasan emosional tinggi, sedang, atau rendah, 3) pada masing-masing model pembelajaran, manakah yang mempunyai prestasi belajar matematika lebih baik, siswa yang memiliki kecerdasan emosional tinggi, sedang, atau rendah, 4) pada masing-masing kategori kecerdasan emosional, manakah yang mempunyai prestasi belajar matematika lebih baik, siswa yang dikenai model MMP saintifik, TPS saintifik atau klasikal saintifik.
Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental semu dengan desain faktorial 3x3. Populasi dari penelitian ini adalah seluruh siswa kelas VIII SMP N di Kabupaten Pemalang. Pengambilan sampel dilakukan dengan stratified cluster random sampling. Sampel dalam penelitian ini berjumlah 309 siswa, yang terdiri dari 103 siswa pada kelas eksperimen I, 102 siswa pada kelas eksperimen II dan 104 siswa pada kelas kontrol. Instrumen yang digunakan untuk mengumpulkan data adalah tes prestasi belajar matematika dan angket kecerdasan emosional siswa terhadap matematika. Uji coba instrumen tes meliputi validitas isi, tingkat kesukaran, daya pembeda, dan reliabilitas. Uji keseimbangan menggunakan analisis variansi satu jalan, diperoleh kesimpulan bahwa ketiga populasi memiliki kemampuan awal matematika yang seimbang. Uji prasyarat meliputi uji normalitas dengan menggunakan metode Lilliefors dan uji homogenitas menggunakan metode Bartlett dengan uji Chi Kuadrat. Dengan α = 0,05 diperoleh kesimpulan bahwa sampel berasal dari populasi yang berdistribusi normal dan memiliki variansi yang sama. Analisis data menggunakan analisis variansi dua jalan dengan sel tak sama yang kemudian dilanjutkan dengan uji komparasi ganda menggunakan metode Scheffe.
Berdasarkan uji hipotesis, diperoleh kesimpulan sebagai berikut. (1) Prestasi belajar matematika siswa yang dikenai model pembelajaran kooperatif MMP saintifik lebih baik dibandingkan siswa yang dikenai model pembelajaran kooperatif TPS saintifik dan model pembelajaran klasikal saintifik, dan prestasi belajar matematika siswa yang dikenai model pembelajaran kooperatif TPS saintifik lebih baik dibandingkan siswa yang dikenai model pembelajaran klasikal saintifik. (2) Prestasi belajar matematika siswa yang memiliki kecerdasan emosional tinggi lebih baik dibandingkan siswa yang memiliki kecerdasan emosional sedang dan rendah, dan prestasi belajar matematika siswa yang memiliki kecerdasan emosional sedang lebih baik dibandingkan siswa yang memiliki kecerdasan emosional rendah. (3) Pada model pembelajaran MMP saintifik, TPS saintifik, dan klasikal saintifik, prestasi belajar matematika siswa yang memiliki kecerdasan emosional tinggi lebih baik dibandingkan siswa yang memiliki kecerdasan emosional sedang dan rendah, serta prestasi belajar siswa yang memiliki kecerdasan emosional sedang lebih baik dibandingkan siswa yang memiliki kecerdasan emosional rendah. (4) Pada siswa yang memiliki kecerdasan emosional tinggi, sedang, dan rendah, prestasi belajar matematika siswa yang dikenai model pembelajaran kooperatif MMP saintifik lebih baik dibandingkan siswa yang dikenai model pembelajaran kooperatif TPS saintifik dan model pembelajaran klasikal saintifik, serta prestasi belajar siswa yang dikenai model pembelajaran kooperatif TPS saintifik lebih baik dibandingkan siswa yang dikenai model pembelajaran klasikal saintifik. 
Kata Kunci: Missouri Mathematics Project (MMP) saintifik, Think Pair Share (TPS) saintifik, klasikal saintifik, Kecerdasan Emosional. Prestasi Belajar.