Sistem pemungutan pajak dengan self assessment system mengandungbanyak kelemahan. Salah satunya sistem ini sering digunakan oleh wajib pajakuntuk melakukan berbagai kelalaian, baik yang disengaja maupun yang tidakdisengaja.Studi ini bertujuan untuk mengetahui seberapa besar pengaruhpelaksanaan pemeriksaan pajak khusus terhadap tingkat kepatuhan wajib pajak.Pengumpulan data dilakukan menggunakan teknik pengumpulan data, sumberdata dan teknik pembahasan. Studi ini dilakukan pada Kantor Pelayanan PajakPratama Sukoharjo.Penulis menemukan adanya kelebihan dan kekurangan. Kelebihan yangpenulis temukan yaitu pelaksanaan sistem pemeriksaan pajak khusus di KPPPratama Sukoharjo efektif dalam menguji kepatuhan wajib pajak untuk membayarpajak, sehingga ditahun 2012-2013 semua wajib pajak yang diperiksa menerimaSKPKB (surat ketetapan pajak kurang bayar) yaitu tahun 2012 sebanyak 11SKPKB (3,5%) dan tahun 2013 sebanyak 70 SKPKB (81,8%). Dari SKPKBtersebut terealisasi penerimaan sebesar Rp. 273.101.512 pada tahun 2012 dantahun 2013 sebesar Rp. 9.869.449.719. Kelemahan yang penulis temukan yaituprosedur pemeriksaan yang berbelit–belit sehingga mempengaruhi kepatuhanwajib pajak dalam memenuhi kewajibannya membayar pajak.Kesimpulan studi ini adalah pemeriksaan pajak kriteria khusus yangditerapkan oleh Kantor Pelayanan Pajak Pratama Sukoharjo merupakanpemeriksaan khusus yang apabila terjadi ketidakpatuhan wajib pajak dalammembayar pajak dan akan diterbitkan SKPKB (Surat ketetapan pajak kurangbayar) lalu apabila wajib pajak tidak mau membayarakan dikenakan sanksi berupatindakan hukum pidana.Kata kunci: Pelaksanaan pemeriksaan pajak khusus, Tingkat kepatuhan wajibpajak, Wajib pajak, SKPKB