ABSTRAK
Embun upas merupakan salah satu gejala pembentukan kristal es yang terjadi pada daun tanaman kentang di daerah Dieng, Jawa Tengah di Kecamatan Batur.Gejala embun upas terjadi dalam skala besar dan menyebabkan terjadinya penurunan hasil kentang hingga 6 ton per hektar. Penyebab terjadinya gejala embun upas pada tanaman kentang didugaaktivitas bakteri pembentuk inti es.
Penelitian ini bertujuan untukmendapatkanisolat bakteri INA dari tanaman kentang di Kecamatan Batur, Dieng, mengetahui spesies bakteri INA dari tanaman kentangdi Kecamatan Batur, Diengyang dapat diidentifikasi dengan menggunakan gen penyandi 16S rRNA, dan mengetahui densitas populasi bakteri INA dalam satu gram daun tanaman kentang.
Pengambilan sampel menggunakan teknik purposive sampling dengan carapengambilan daun kentangdi 3 ketinggian berbeda: ±1.500 mdpl (Desa Bakal), ±2.000 mdpl (Desa Diengkulon), dan ±2.500 mdpl (Desa Pawan) dengan 2 pengulangan. Isolasi bakteri dilakukan dengan metode spreadplate pada media NA yang mengandung 2,5% gliserol (NAG). Koloni dengan morfologi berbeda diambil dan dimurnikan pada media agar miring. Aktivitas nukleasi es ditentukan dengan metode tube nucleation test. Estimasi jumlah bakteri INA dilakukan dengan metode multiple-tube nucleation test 3,3,3.Identifikasi bakteri INA dilakukandengan amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan metode PCR. Amplikon gen penyandi 16S rRNA dipurifikasi dengan menggunakan PCR/DNA Fragments Extraction Kit (Genaid) dan dilanjutkan dengan penentuan konsentrasi dan kemurnian DNA menggunakanbiophotometer. Sekuensing dilakukan dengan mengirimkan sampel ke 1st BASE Singapore dan data hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan perangkat BLAST Nucleotide pada website NCBI. Analisis data yang digunakan adalah analisis deskriptif.
Hasil isolasi yang diperoleh dalam penelitian ini adalah 6 isolat bakteri INA pada keseluruhan desa pengambilan sampel. Spesies bakteri yang didapat adalah Arthrobacter sulfonivorans (98%), Curtobacterium luteum(98%),dan Pseudomonas azotoformans(99%). Jumlah populasi bakteri pada daun tanaman kentang adalah 1,44 x 102 MPN INA/gram pada Desa Bakal, 3 x 103 MPN INA/gram pada Desa Diengkulon, dan 1,824 x 105 MPN INA/gram pada Desa Pawan.
Kata Kunci:16S rRNA, Bakteri INA, Dieng, Embun upas,Tanaman kentang
ABSTRACT
Embun upas (frost injury) is locally Indonesian name of Ice nucleation diseases on potato leaf at dieng area, Central of Java. Batur district is one of many districts at Dieng that has a big scale of ice nucleation disease. Frost injury causes decreasing of potato production at Batur district until 6 tons per hectare. Preliminary result showed that agent of frost injury disease on potato leaf was INA bacteria.
The aims of this research were togot INA bacteria isolates from potato leaf samples in Batur district, to find out the INA bacteria species identity from potato leaf samples in Batur district based on 16S rRNA gene identification methods, and to find out how many populations density ofINA bacteria in one gram potato leaf samples.
Leaf samples has been taken with purposive sampling technique that is taken potato leaf samples in 3 differences altitude: ±1.500 masl(Bakal village), ±2.000 masl(Diengkulon village), and ±2.500 masl(Pawan village) with two replications. Method that used for bacteria isolation was spread plate method on NA’s media that contains 2,5% gliserol (NAG). Colonies with different morphology separated and purified in sideways media. The methods that used for ice nucleation activity test was tube nucleation test. The methods that used for INA bacteria estimation was 3.3.3 multiple-tube nucleation test method. INA bacteria were identified with 16S rRNA gene with PCR method. 16S rRNA amplicon gene was purified with PCR/DNA Fragments Extraction Kit (Genaid). DNA purity and concentration was checked by Biophotometer. Descriptive analysis was used for data analysis on this research.
The result of this research showed that 6 isolates of INA bacteria from all altitudes have been known as INA bacteria. INA bacteria species that have been identified were Arthrobacter sulfonivorans(98%), Curtobacterium luteum(98%), and Pseudomonas azotoformans(99%). INA bacteria population on potato leafs was 1,44 x 102MPN INA/gram at Bakal village, 3 x 103 MPN INA/gram atDiengkulon village, and 1,824 x 105 MPN INA/gram at Pawan village.
Keywords: 16S rRNA, INA Bacteria, Dieng, frost injury, potato plant