Buah labu kuning merupakan sumber makanan yang bergizi yang banyak tumbuh di beberapa habitat termasuk Kabupaten Pacitan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keanekaragaman buah labu kuning tipe silinder serta hubungan kekerabatannya di Kab. Pacitan berdasarkan karakterisasi morfologi serta pola pita isozim peroksidase dan esterase.
Sampling buah dilakukan di empat kecamatan di Kabupaten Pacitan meliputi Kec. Pringkuku (buah silinder 1), Kec. Nawangan (buah silinder II), Kec. Tegalombo (buah silinder III & IV), dan Kec. Donorojo (buah silinder V). keragaman labu kuning ini diuji melalui bentuk buah, dan biji, serta anatomi buah. Dengan organ daun penumpu dan akar, selanjutnya dilakukan analisis genetik menggunakan fenotipik isozim peroksidase dan esterase melalui proses elektroforesis dan pewarnaan. Setelah didapatkan informasi mengenai keanekaragamnnya, penentuan hubungan kekerabatan dimulai dengan menghitung indeks similaritas (IS) antar individu labu kuning. Selanjutnya dilakukan analisis pengelompokan menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYSpc) versi 2.10 hingga diperoleh dendogram.
Hasil penelitian menunjukkan adanya keanekaragaman morfologi buah labu kuning silinder di Kab.Pacitan dimana hubungan kekerabatan terdekat adalah antara buah labu kuning silinder I dan II dengan koefisien kemiripan (26,14 %), terjauh antara buah labu kuning silinder III & V dengan ketiga sampel lainnya (14,77 %). Pada keragaman pola pita isozim, isozim peroksidase dari organ daun penumpu ditemukan 4 pita monomorfik (Rf 0,02; 0,17; 0,57; 0,7) dan 2 pita polimorfik (Rf 0,54, 0,67), sedangkan dari organ akar ditemukan 4 pita monomorfik (Rf 0,02, 0,32; 0,50; 0,62) dan 7 pita polimorfik (Rf 0,14; 0,15; 0,18; 0,23; 0,37; 0,45; 0,70). Pada isozim esterase dari organ daun penumpu ditemukan 3 pita monomorfik (Rf 0,02; 0,16; 0,52) dan 3 pita polimorfik ( Rf 0,20; 0,62; 0,63 ), sedangkan dari organ akar ditemukan 4 pita monomorfik (Rf 0,02; 0,15; 0,37; 0,52) dan 7 pita polimorfik (Rf 0,17; 0,18; 0,28; 0,57; 0,62; 0,63; 0,75). Berdasarkan pola pita isozim, hubungan kekerabatan terdekat adalah antara buah labu kuning silinder I dan III dengan koefisien kemiripan (70,6 %), terjauh antara buah labu kuning silinder II dengan sampel lainnya (57,5 %). Berdasarkan gabungan karakter morfologi dan pola pita isozim, buah labu kuning silinder I dan II memiliki hubungan kekerabatan paling dekat dengan koefisien kemiripan (37 %). terjauh antara buah labu kuning silinder IV & V dengan ketiga sampel lain pada koefisien kemiripan (27,9 %).
Kata kunci: Labu Kuning (C. moschata Duch.), keanekaragaman, morfologi, isozim