Lahan marjinal khususnya di Indonesia, terus meningkat setiap tahunnya. Sementara itu usaha untuk mereklamasi lahan-lahan marjinal tersebut masih terbatas dan belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Oleh karena itu perlu diusahakan suatu teknologi alternatif yang dapat dilakukan diantaranya pemanfatan mikroorganisme yang dapat mendukung pertumbuhan kedelai dan aplikasi pemberian bahan organik. Aspek-aspek tersebut saling berkaitan, sehingga perlu dilakukan penelitian secara berkelanjutan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari pengaruh penggunaan macam pupuk kandang (sapi, kambing, puyuh) dan mikoriza terhadap biodiversitas mikroba tanah, serta pengaruhnya terhadap hasil kedelai di lahan marjinal. Penelitian menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL) teridiri atas dua faktor perlakuan yaitu perlakuan mikoriza dengan dua taraf dan perlakuan jenis pupuk kandang dengan lima taraf, sehingga didapatkan 10 kombinasi perlakuan yang masing-masing diulang 3 kali. Meskipun hasil uji F tidak berpengaruh nyata, tetapi ada perbedaan antara perlakuan yang diinokulasi mikoriza dan tanpa inokulasi mikoriza. Perlakuan inokulasi mikoriza memiliki keanekaragaman mikroba yang lebih tinggi daripada perlakuan tanpa inokulasi mikoriza. Jumlah bakteri pada semua sampel ada 22 isolat, sedangkan jamur yang teridentifikasi berasal dari 4 genus yaitu Aspergillus sp, Penicillium sp, Rhizopus sp, dan Mucor sp. Perlakuan inokulasi mikoriza cenderung memberikan hasil yang lebih tinggi dibandingkan perlakuan tanpa inokulasi mikoriza.
Kata kunci: Kedelai, mikoriza, lahan marjinal, biodiversitas mikroba tanah.