ABSTRAKCiplukan (Physalis angulata L.) merupakan salah satu tumbuhan liar yangbanyak dimanfaatkan sebagai obat tradisional. Penelitian ini bertujuan untukmengetahui keragaman dan hubungan kekerabatan ciplukan di wilayah ekskaresidenanSurakarta berdasarkan variasi ciri morfologi, bukti serbuk sari danpola pita isozim.Sampel diambil dengan menggunakan teknik purposive random samplingpada 18 titik populasi dan diambil sebanyak 3 sampel pada masing-masingpopulasi. Terminologi dari ciri morfologi mengacu pada Stearn (1992), analisisserbuk sari menggunakan metode asetolisis dan analisis pola pita isozim denganelektroforesis daun muda (urutan 3 sampai 5 dari pucuk batang) menggunakandua sistem enzim, yaitu esterase dan peroksidase.Data keragaman ciri morfologi, bukti serbuk sari, dan pola pita isozimpopulasi ciplukan yang telah diperoleh dianalisis secara deskriptif. Data kualitatifdan kuantitatif ciri mantap dari ciri morfologi dan bukti serbuk sari yang diperolehkemudian dibuat data multivariate sedangkan data kuantitatif dari isozim dibuatdata biner. Data biner dan multivariate kemudian digunakan untuk menghitungbesar indeks similaritas (IS) antar populasi dan dikomputasikan dalam programNumerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYSpc) versi 2.0hingga diperoleh dendogram hubungan kekerabatanHasil penelitian menunjukkan ciplukan di wilayah eks-karesidenanSurakarta memiliki keragaman baik secara kualitatif maupun kuantitatif terutamapada warna dan ukuran batang, daun, bunga, buah dan biji; ukuran, jumlahapertura, bentuk serbuk sari serta 5-6 pola pita isozim esterase dan 6-9 pola pitaisozim peroksidase. Berdasarkan variasi ciri morfologi, bukti serbuk sari dan polapita isozim menunjukkan Sukoharjo 2 dan 3 serta Klaten 1 dan 2 masing-masingmemiliki hubungan kekerabatan paling dekat dengan koefisien kemiripan 88%sedangkan ciplukan Sukoharjo 1, Wonogiri 2 dan Sragen 2 mengelompoktersendiri dan terpisah jauh dari kelompok lain pada koefisien kemiripan 70%.Kata Kunci : Ciplukan, Surakarta, morfologi, serbuk sari, isozim