ABSTRAKSebagian besar pemanfaatan lahan disekitar Waduk Cengklik adalahsawah irigasi dan pemukiman sehingga terdapat kegiatan pertanian danrumahtangga. Di dalam badan waduk terdapat berbagai kegiatan yaitu pariwisata,budidaya ikan air tawar di dalam Keramba Jaring Apung, dan kegiatan pertanian.Kegiatan tersebut dapat meningkatkan penghasilan dan kesejahteraan, namundilain pihak menyumbang sejumlah bahan organik ke dalam badan perairanwaduk. Bahan organik yang tinggi akan menyebabkan eutrofikasi ataupengkayaan nutrien pada perairan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis danmengetahui struktur komunitas fitoplankton berdasarkan densitas, dominansi, danindeks keanekaragaman dan hubungan antara indeks keanekaragamanfitoplankton dengan faktor abiotik perairan.  Pengambilan sampel dilakukan pada pukul 10.00 – 13.00 WIB di tigastasiun pengamatan dengan masing-masing tiga kali ulangan pengambilan sampelpada 3 waktu pengambilan yaitu 09 Juni 2015, 23 Juni 2015, dan 07 Juli 2015.Sampel yang diperoleh dianalisis dan diidentifikasi di Laboratorium Pusat FMIPAUNS dan Laboratorium Penguji dan Kalibrasi BBTKL PP Yogyakarta.  Hasil dari penelitian ini diperoleh struktur komunitas fitoplankton yangterdiri dari 53 jenis fitoplankton dari filum Cyanophyta, Chlorophyta, Pyrrophyta,Euglenophya, dan Chrysophyta. Densitas fitoplankton berkisar antara 18.889 –167.333 sel/L dan indeks keanekaragaman rendah dengan kestabilan komunitasfitoplankton moderat yang berkisar antara 1,06 – 2,38 serta terdapat jenis yangmendominasi yaitu Cyclotella kutzingiana, Nitzschia actinastroides, Euglenagracilis, Closteriopsis longissima, Volvox sp., dan Spirogyra azygospora.Terdapat hubungan antara nilai indeks keanekaragaman fitoplankton denganfaktor abiotik fisik – kimia yaitu suhu, kecerahan, pH, oksigen terlarut, nitrat, danfosfat di Waduk Cengklik Boyolali.Kata kunci: Fitoplankton, Struktur Komunitas, Waduk Cengklik