Sungai yang terdapat di perkotaan telah mengalami pencemaran karena adanya pembangunan yang tidak berwawasan lingkungan. Pertumbuhan populasi penduduk memberikan dampak terhadap kualitas air sungai dan lingkungan di sekitar sungai sehingga sungai mengalami penurunan kualitas. Sungai Pepe dan Sungai Anyar berdasarkan letak topografinya dikelilingi dan dipengaruhi oleh aktivitas perindustrian, rumah sakit, pertanian, pemukiman, perdagangan, sehingga sungai terkena dampak dari setiap kegiatan tersebut. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas air Sungai Pepe dan Sungai Anyar dengan menggunakan parameter fisika, kimia dan biologi untuk mengetahui kualitas air sungai. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan pengamatan di Sungai Pepe dan Sungai Anyar sebanyak 5 stasiun. Data yang dikumpulkan adalah kualitas air sungai berdasarkan parameter pH, TDS, DO, COD, BOD, total coliform dan total plate count. Penelitian ini dilakukan dalam dua musim, musim kemarau dan musim hujan untuk mengetahui perbedaan kondisi sungai pada dua musim tersebut. Hasil penelitian kemudian dibandingkan dengan PPRI No. 82 tahun 2001 untuk air kelas II dan dianalisis dengan metode STORET. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada parameter fisika seperti suhu dan TDS, Sungai Anyar dan Sungai Pepe masih di bawah ambang batas maksimal baik pada musim kemarau maupun musim hujan. Pada parameter kimia, COD dan BOD Sungai Pepe dan Sungai Anyar melebihi ambang batas maksimal baik pada musim kemarau dan musim hujan. Namun, DO dan pH masih memenuhi baku mutu air kelas II. Parameter biologi coliform total melebihi batas baku mutu air yang telah ditentukan baik pada musim kemarau maupun pada musim hujan. Hasil analisis dengan metode STORET pada Sungai Anyar dan Sungai Pepe termasuk dalam kategori Sungai kelas D atau tercemar berat. Kata kunci: Kualitas Air, Sungai, Metode STORET