Penelitian ini bertujuan untuk: 1. Mengetahui latar belakang adanya operasi Ganyang Malaysia antara Indonesia dengan Malaysia di Kalimantan pada tahun 1964-1966. 2. Peranan dari Angkatan Udara Republik Indonesia dalam Operasi Ganyang Malaysia di Kalimantan pada tahun 1964-1966.Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode sejarah yang meliputi heuristik atau pengumpulan sumber, kritik sumber, interpretasi, dan historiografi. Pengumpulan sumber-sumber sejarah diperoleh melalui arsip, buku, surat kabar, majalah, dan karya ilmiah mengenai pelaksanaan Ganyang Malaysia di Kalimantan pada tahun 1964-1966. Data yang terkumpul dilakukan kritik sumber untuk memeriksa keaslian dan validitas sumber. Fakta yang diperoleh kemudian dianalisa lalu diinterpretasikan menurut kronologisnya.Hasil penelitian ini menunjukkan latar belakang operasi Ganyang Malaysia terjadi karena ketidaksetujuan Indonesia terhadap pembentukan Federasi Malaysia yang didukung oleh Inggris. Sikap Indonesia atas pembentukan federasi tersebut adalah membentuk KOLAGA dengan melibatkan unsur militer. Pada unsur ofensif, KOLAGA terdiri dari Angkatan Udara, Angkatan Laut, dan Angkatan Darat bertugas untuk serang balas terhadap lawan, sedangkan pada unsur defensif dibagi menurut daerah operasi yaitu pada daerah Kalimantan dan Sumatera.Kesimpulan dari penelitian ini adalah latar belakang operasi Ganyang Malaysia terjadi karena adanya pembentukan Federasi Malaysia hingga menimbulkan pro dan kontra. Indonesia dan Filipina menunjukkan ketidaksetujuannya terhadap pembentukan federasi yang didukung oleh Inggris tersebut. Berbagai upaya penyelesaian secara diplomatik tidak menemui titik terang. Dengan diproklamirkan Malaysia sebagai suatu negara federasi, sikap Indonesia atas pembentukan federasi tersebut dengan konfrontasi terhadap Malaysia yaitu Dwikora. Setelah dicetuskan Dwikora, Indonesia membentuk KOLAGAPada pelaksanaan operasi Ganyang Malaysia, AURI berperan dalam pelaksanaan operasi udara dengan penerbangan patroli serta penyusupan pasukan melalui udara didukung dengan kekuatan Pasukan Gerak Tjepat (PGT) AURI dan alutsista udara modern sebagai kekuatan terbesar di Asia Tenggara. Perselisihan antara Indonesia dan Malaysia dapat diredam setelah adanya upaya penyelesaian melalui misi-misi ABRI kemudian dilanjutkan dengan pertemuan antara Indonesia dan Malaysia. Hasil dari pertemuan-pertemuan tersebut menghasilkan Perundingan Bangkok dan Djakarta Accord yang menjadi jalan damai antara Indonesia dan Malaysia. Hubungan diplomatik antara Indonesia dan Malaysia kembali dibuka pada tanggal 31 Agustus 1967Kata kunci: Dwikora, Ganyang Malaysia, Komando Mandala Siaga