Sungai Martapura adalah sungai yang memberi kehidupan dan kebanggaan masyarakat Kota Banjarmasin. Kecantikan morfologi, tipologi dan keunikan budaya sungai menjadikan Sungai Martapura sebagai pusaka alam sekaligus dan pusaka saujana. Budaya dan perilaku masyarakat khususnya masyarakat tepi air menyebabkan pencemaran domestik (E.coli). Tujuan dari penelitian ini mengidentifikasi sumber pencemar, partisipasi masyarakat dan peran pemerintah dalam memitigasi pencemaran pada Sungai Martapura dengan membuat grand desain model pengendalian pencemaran Sungai Martapura. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif zonasi pusaka pada kawasan Sungai Martapura. Populasi adalah masyarakat tepi air lapisan pertama di kelurahan Sungai Bilu dan Sungai Jingah sebanyak 200 sampel kepala keluarga beusia 25-40 tahun dengan metode purvosive sampling. Peran pemerintah diambil dengan metode wawancara dan analisis data sekunder terhadap SKPD terkait. Pengujian laboratorium kualitas air dengan parameter pH, BOD, COD, DO, Nitrit, TDS, TSS, Minyak dan Lemak, Diterjen serta Total Coliform yang sebagian besar diatas baku mutu air. Analisis data menggunakan spss 20 dan powersim 05. Hasil penelitian adalah menginventarisasikan sumber pencemar domestik pada Sungai Martapur yang tidak hanya berasal dari permukiman di sepanjang aliran sungai, tetapi juga dari pasar, rumah makan dan penginapan. Model Konservasi Sungai Martapura adalah dengan beberapa skenario strategi yaitu melibatkan partisipasi masyarakat dalam pengelolaan yang diprediksi akan dapat dicapai dalam 15 tahun, menurunkan kerusakan DAS yang dapat dicapai dalam 35 tahun dan meningkatkan pengelolaan sungai yang dimaksimalkan dan menuju kestabilan pengelolaan.
Kata Kunci : Sungai Martapura, Pengendalian Pencemaran, Partisipasi, Grand Design Model.