Penelitian  ini  bertujuan  untuk:  1)  mengetahui  sikap  toleransi  siswa  di  SD berbasis  agama  Islam  (SD  Al-Basyariyah)  dan  SD  berbasis  agama  Katolik  (Santa Ursula) ditinjau dari jenis kelamin siswa; 2) mengetahui sikap toleransi siswa di SD berbasis  agama  Islam  (SD  Al-Basyariyah)  dan  SD  berbasis  agama  Katolik  (Santa Ursula) ditinjau dari latar belakang etnis (Jawa dan Sunda).
Metode yang digunakan adalah metode kualitatif dengan model studi kasus dengan sampel siswa berjenis kelamin laki-laki dan perempuan serta siswa beretnis Jawa dan Sunda di SD Al-Basyariyah dan Santa Ursula. Instrumen yang digunakan pada penelitian ini berupa wawancara, obbservasi dan angket. Validitas data menggunakan triangulasi sumber, triangulasi teknik dan triangulasi waktu. Metode analisis data menggunakan model analisis data Miles dan Huberman dengan tahapan mengumpulkan data, menyajikan data dan membuat kesimpulan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa 1) sikap toleransi agama siswa laki-laki dan perempuan sudah diterapkan dengan baik di SD Al-Basyariyah dan Santa Ursula karena  siswa  selalu   berusaha  saling  mengingatkan   untuk   melaksanakan   ibadah walaupun keyakinan mereka berbeda. Sikap toleransi etnis sudah cukup baik dipraktekkan  oleh  siswa  laki-laki  dan  perempuan  di  SD  Al-Basyariyah  dan  Santa Ursula. Siswa Berjenis kelamin laki-laki lebih sering mendominasi adanya sikap diskriminasi etnis pada saat terjadi perbedaan pendapat, siswa perempuan cenderung lebih sering diam dan tidak memulai konflik atas adanya perbedaan etnis. Lain halnya dengan sikap toleransi terhadap perbedaan pendapat  yang perlu dioptimalisasikan oleh siswa laki-laki dan perempuan di SD Al-Basyariyah dan Santa Ursula karena belum dilaksanakan sebagaimana mestinya. Hampir seluruh konflik seperti perkelahian dan perdebatan antar siswa terjadi karena adanya perbedaan pendapat. 2) Sikap toleransi agama siswa beretnis  Jawa dan  Sunda sudah  dipraktekkan  dengan  baik  di SD Al- Basyariyah dan Santa Ursula. Siswa mengakui adanya perbedaan keyakinan namun siswa  tetap  menghormati  keyakinan  yang  dianut  oleh  siswa  tersebut  dengan  selalu saling mengingatkan untuk melaksanakan ibadah dan tidak memperdebatkan adanya ritual ibadah yang berbeda. Sikap toleransi etnis telah diterapkan oleh siswa namun pengaplikasiannya   belum   seoptimal   menerapkan   sikap   toleransi   agama.   Sikap intoleransi etnis seringkali dipermasalahkan oleh siswa berjenis kelamin laki-laki di kedua sekolah tersebut dengan cara mengejek ciri fisik suatu etnis tertentu. Selanjutnya, sikap toleransi terhadap perbedaan pendapat belum teraplikasikan dengan baik oleh siswa beretnis Sunda khususnya dikedua SD tersebut, karena siswa beretnis Sunda memiliki sikap senioritas yang cukup tinggi sehingga mereka tidak mau menerima jika pendapatnya ditolak sedangkan siswa beretnis Jawa di kedua SD tersebut cenderung lebih tertutup dan pendiam.