Latar  Belakang:  Laporan  UNAIDS  (2017)  menjelaskan  bahwa  hanya  7800 (13%) penderita HIV yang mendapatkan pengobatan. Tindakan pemerintah dalam menanggulangi kasus HIV adalah dengan meningkatkan monitoring dan evaluasi terhadap pelayanan yang diberikan kepada pasien menggunakan sistem informasi HIV/AIDS dan IMS. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor-faktor yang berpengaruh terhadap kelengkapan dan keakuratan rekam medis elektronik pada pasien HIV di puskesmas di daerah istimewa yogyakarta (DIY).
Subjek dan Metode: Desain analitik observasional dengan pendekatan cross- sectional. Penelitian dilakukan di 25 Puskesmas di DIY pada bulan Maret sampai dengan  Juni  2018.  Jumlah  sampel  yang  digunakan  adalah  200  rekam  medis dengan menggunakan simple random sampling pada level petugas dan stratified random sampling pada level Puskesmas. Kelengkapan dan keakuratan sebagai variabel dependen. Variabel independen adalah masa kerja dan jabatan, pelatihan, dan status akreditasi puskesmas. Data dikumpulkan menggunakan kuesioner. Metode analisis data menggunakan analisis multilevel.
Hasil: Masa kerja (b=0.58; CI95%=0.101 hingga 1.05; p=0.018) dan jabatan (b=-2.12; CI95%= -3.44 hingga -0.805; p=0.002) mempunyai pengaruh secara statistik signifikan terhadap kelengkapan dan Masa kerja (b=1.09; CI95%=0.344 hingga 1.85; p=0.005) dan jabatan (b=-4.20; CI95%= -6.29 hingga -2.109; p=0.000) mempunyai pengaruh secara statistik signifikan terhadap keakuratan pengisian rekam medis. Variasi pada level Puskesmas menunjukkan tidak ada pengaruh kontekstual terhadap kelengkapan dan keakuratan pengisian rekam medis elektronik dengan nilai Intraclass Correlation (ICC) 0.36% terhadap kelengkapan dan 1.17% terhdap keakuratan.
Kesimpulan: Terdapat pengaruh masa kerja dan jabatan terhadap kelengkapan dan keakuratan pengisian rekam medis elektronik pada pasien HIV. Variasi pada level puskesmas tidak menunjukkan pengaruh terhadap kelengkapan dan keakuratan pengisian rekam medis elektronik.