Permasalahan yang dibahas dalam penelitian ini yaitu: (1) Bagaimana sejarah pembangunan pelabuhan  penyeberangan di Pantai Kartini Jepara?  (2) bagaimana sistem pengelolaan pelabuhan penyeberangan di Pantai Kartini Jepara tahun 1995-2013? (3) bagaimana pengaruh pelabuhan penyeberangan di Pantai Kartini Jepara terhadap ekonomi lokal.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dinamika pelabuhan di Jepara, sejarah pembangunan pelabuhan penyebrangan di Pantai Kartini Jepara, tata kelola dan aktivitas kepelabuhanan, serta pengaruh yang ditimbulkan dari adanya pelabuhan terhadap   ekonomi   lokal   tahun   1995-2013.   Pada   tahun   1995   menjadi   awal perencanaan pembangunan pelabuhan penyebrangan   di Jepara, sedangkan tahun 2013 jumlah kapal penyeberangan yang beroperasi menjadi tahun yang paling tinggi dibanding periode sebelum maupun setelahnya. Untuk mengkaji penelitian tersebut digunakan  metode  sejarah  yaitu  heuristik  (pengumpulan  sumber),  kritik  sumber (yang meliputi kritik intern dan ekstern), interpretasi (penafsiran) dan historiografi. Sumber  sejarah  yang  digunakan  dalam  penelitian  ini  antara  lain  sumber  tertulis berupa arsip   Departemen Perhubungan Kantor Wilayah XI Provinsi Jawa Tengah milik Badan Arsip dan Perpustakaan Provinsi Jawa Tengah, arsip di Dinas Perhubungan, Komunikasi, dan Informatika Kabupaten Jepara, arsip di Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan (UPP) Jepara, Arsip Jepara dalam angka yang tersimpan di Dinas Kearsipan dan Perpustakaan Kabupaten Jepara. Sumber sejarah berupa artefak dan wawancara juga digunakan dalam penelitian ini.
Pembangunan Pelabuhan Penyeberangan Jepara dilakukan untuk meningkatkan mobilitas orang dan barang dari dan ke Karimunjawa. Dalam melaksanakan tata kelola pelabuhan, pemerintah membentuk berbagai peraturan diantaranya  meliputi  fungsi  pelabuhan,  penggunaan,  klasifikasi,  jenis, penyelenggara, dan kegiatan pelabuhan. Jasa kepelabuhan yang terselenggara di pelabuhan penyeberangan antara lain penyediaan jasa kolam pelabuhan, penyediaan jasa  dermaga,  pelayanan  jasa  navigasi,  dan  layanan  jasa  sisi  darat  pelabuhan. Dampak ekonomi yang terjadi setelah dibangunnya pelabuhan penyeberangan antara lain: meningkatnya arus penumpang, angka bongkar muat, pendapatan pelabuhan, dan menciptakan lapangan kerja baru bagi masyarakat sekitar pelabuhan.
Kesimpulan dari penelitian ini adalah pelabuhan penyeberangan yang dibangun  pada tahun 1995 di Pantai Kartini Jepara memberikan pengaruh besar terhadap ekonomi masyarakat lokal. Pada Tahun 1995-2013 terjadi peningkatan pengguna jasa penyeberangan. Aktivitas penyeberangan yang semakin ramai menumbuhkan berbagai sumber nafkah bagi masyarakat Jepara.