Tujuan penelitian ini adalah mengkaji keragaman DNA pada gude jenis biji hitam, putih dan coklat, keragaman DNA gude yang diradiasi dan yang tidak diradiasi berdasarkan penanda RAPD dan mengidentifikasi profil protein pada tanaman gude jenis biji hitam, putih dan coklat dengan SDS-PAGE. Penelitian dilakukan di Pusat Penelitian dan Pengembangan Teknologi Isotop dan Radiasi Badan Tenaga Nuklir Nasional (P3TIR BATAN,  Laboratorium  Genetika dan Pemuliaan Tanaman Fakultas Pertanian UGM Yogyakarta dan analisis profil protein dilaksanakan di Laboratorium Faal Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya Malang. Penelitian dilaksanakan mulai bulan April sampai Desember 2017. Bahan penelitian analisis keragaman DNA antar varietas gude adalah daun gude jenis biji hitam, putih dan coklat dan yang diradiasi dengan panjang gelombang 100, 200, dan 300 Gy serta biji gude hitam, putih dan coklat untuk analisis profil  protein.  Karakter  molekuler  dilakukan  dengan  ekstraksi  DNA  dan  dianalisis dengan NTSYS versi 2.02. Untuk analisis profil protein dengan separating gel, stacking gel,  pemanasan  sampel,  running,  staining dan  destaining.  Pita  protein  yang diamati meliputi berat molekul (BM), kehadiran pita protein, tebal tipis pita protein dan jumlah jumlah  protein.  Berdasarkan  dendrogram  pengelompokkan  dengan  metode  UPGMA pada tiga gude jenis biji coklat, hitam dan putih menghasilkan dua kelompok, yaitu kelompok 1 gude hitam dan putih dan kelompok 2 gude coklat yang memisah pada koefisien 0,75. Hasil analisis data molekuler menunjukkan ke 30 aksesi gude yang di screening dengan primer OPA-05 menunjukkan fragmen polimorfik sebesar 87,5% sedangkan dengan primer OPB-17 sebesar 83,3%.Pengelompokan ke 30 aksesi gude membentuk dua klaster yang terdiri dari sub klaster 1 dan 2. Pada sub klaster 1 memisah secara acak membentuk kelompok-kelompok sub klaster berikutnya. Sedangkan pada klaster 2 terdiri atas H13 yang memisah pada koefisien 0,43. Dari hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa gude hitam menghasilkan 10 marker dengan berat molekul 11kD, 17kD, 20kD, 25kD, 35kD, 48kD, 63kD, 75kD, 100kD dan 135kD. Sedangkan pada gude putih menghasilkan 8 marker dengan berat molekul masing-masing 17kD, 25kD,
35kD, 48kD, 63kD, 75kD, 100kD dan 135kD. Pada gude coklat menghasilkan marker 6 marker dengan berat molekul 11kD, 17kD, 20kD, 25kD, 35kD, dan 48kD.