Penelitian ini bertujuan untuk menguji: 1) pengaruh model inquiry learning disertai scaffolding terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa kelas XI IPA di kawasan pegunungan Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta; 2) pengaruh kawasan pegunungan terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa kelas XI IPA; dan 3) interaksi model inquiry learning disertai scaffolding dan kawasan pegunungan terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa kelas XI IPA. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen dengan sampel penelitian di SMA Negeri 1 Pakem dan SMA Negeri  1  Cangkringan  sebagai  kawasan  pegunungan  1,  dan  SMA  Negeri  1 Kalibawang dan SMA Negeri 1 Girimulyo sebagai kawasan pegunungan 2 yang terletak di kawasan pegunungan Provinsi DIY. Pegunungan 1 terletak di kawasan Merapi dan pegunungan 2 terletak di kawasan Menoreh dengan jumlah 191 siswa. Sampel diambil menggunakan teknik cluster sampling.
Data diperoleh dengan membandingkan kemampuan berpikir ilmiah siswa kelas eksperimen yang menggunakan model inquiry learning disertai scaffolding dan kelas kontrol dengan model ekspositori. Data diambil melalui teknik tes kemampuan berpikir ilmiah dengan soal pilihan ganda yang meliputi empat aspek yaitu: 1) inquiry; 2) analisis; 3) inferensi; dan 4) argumentasi. Analisis data dilakukan dengan statistik inferensial menggunakan two way anova menggunakan aplikasi SPSS 24.
Berpengaruh signifikansi model inquiry learning disertai scaffolding terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa di kawasan pegunungan 1 dan   2 masing-masing sebesar 0,000 dan 0,000, kawasan pegunungan 1 dan 2 terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa masing-masing sebesar 0,009 dan 0,037, dan interaksi model inquiry learning disertai scaffolding dan kawasan pegunungan 1 dan 2 terhadap kemampuan berpikir ilmiah masing-masing sebesar 0,047 dan 0,082. Berdasarkan hasil penelitian maka dapat disimpulkan bahwa: 1) terdapat pengaruh model inquiry learning disertai scaffolding terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa di kawasan pegunungan; 2) terdapat pengaruh kawasan pegunungan terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa; 3) terdapat interaksi model inquiry learning disertai scaffolding dan kawasan pegunungan 1 dan tidak terdapat interaksi di kawasan pegunungan 2.