Avicennia marina diketahui memiliki kandungan senyawa metabolit sekunder seperti alkaloid, terpenoid, steroid, dan fenolat yang dapat berfungsi sebagai antibiotik dan antioksidan. Pada tanaman ini banyak ditemukan mikroorganisme endofit berupa jamur endofit. Jamur endofit merupakan jamur yang hidup di dalam jaringan tumbuhan tetapi tidak merugikan inangnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kandungan senyawa metabolit sekunder yang ada pada ekstrak miselium dan media biakan jamur endofit yang diisolasi dari daun mangrove Avicennia marina dan uji aktivitasnya terhadap Bacillus subtilis dan Escherichia coli.
Ekstraksi senyawa metabolit sekunder miselium jamur endofit dilakukan dengan menggunakan metode ekstraksi maserasi dan ekstraksi senyawa metabolit sekunder media biakan jamur endofit dilakukan dengan menggunakan metode ekstraksi  cair-cair.  Deteksi  senyawa  metabolit  sekunder  miselium  dan  media biakan jamur endofit dilakukan dengan menggunakan metode Kromatografi Lapis Tipis (KLT). Uji aktivitas antibakteri ekstrak miselium dan media jamur endofit daun A. marina terhadap Bacillus subtilis dan Escherichia coli dilakukan dengan menggunakan metode bioautografi KLT.
Berdasarkan penelitian ekstrak miselium dan media biakan jamur endofit terdeteksi memiliki kandungan senyawa metabolit sekunder golongan alkaloid, fenol,  flavonoid,  terpenoid,  dan  steroid.  Ekstrak  kloroform  miselium  jamur endofit   Chrysosporium   sp.   yang   terdeteksi   memiliki   kandungan   senyawa golongan  terpenoid  dengan  nilai  Rf  0,36  dan  ekstrak  etanol  miselium  jamur endofit   Aureobasidium   sp.   yang   terdeteksi   memiliki   kandungan   senyawa golongan  steroid  dengan  nilai  Rf 0,37  memiliki  aktivitas  antibakteri  terhadap Bacillus subtilis.