Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan model dari sebuah sistem interaksi antara DNA dengan protein. Penentuan model interaksi dimulai dengan menentukan molekul-molekul yang digunakan sebagai contoh interaksi DNA dengan protein. Interaksi sistem terdiri  dari satu  molekul protein  yang berikatan dengan salah satu molekul DNA dari rantai tunggal DNA. Molekul DNA yang di gunakan sebagai model yaitu adenin dan timin, sedangkan untuk molekul protein menggunakan glutamin. Interaksi antar molekul disesuaikan dengan bentuk ikatan atom Hidrogen.
Pada penelitian ini potensial yang digunakan untuk menggambarkan bentuk interaksi yaitu dengan tiga potensial berbeda. Potensial Cornell, potensial Killingbeck, dan potensial Hylleraas digunakan untuk menggambarkan interaksi dari masing-masing molekul. Sistem interaksi terbagi menjadi tiga bagian, yaitu interaksi antara molekul adenine dengan timin pada arah sumbu-y, interaksi molekul protein glutamin dengan adenine  pada  arah  sumbu-x,  serta  interaksi  sistem  secara  umum.  Ketiga  interaksi tersebut kemudian digambarkan kembali menggunakan persamaan Hamiltonian. Sistem interaksi disesuaikan dengan fenomena dari kondisi ketika molekul protein berinteraksi dengan rantai DNA, pergeseran dari molekul DNA terjadi akibat keberadaan dari molekul Protein, bukan disebabkan oleh molekul DNA yang berdekatan. Pada tahap akhir,  penentuan  kesetabilan  dari  sistem  interaksi  tersebut  dapat  ditentukan dengan menggunakan Fungsi Lyapunov.
Pada tahap akhir, penyelesaian dengan menggunakan pendekatan WKB digunakan untuk  menentukan  spectrum  energi  dari  interaksi  molekul  protein  dengan  Molekul DNA. Dari ketiga jenis potensial tersebut masing-masing pendekatan memiliki penyelesaian yang berbeda. Hal ini dikarenakan bentuk potensial yang digunakan berpengaruh pada bentuk persamaan titik balik klasik yang harus ditentukan sebagai batas interval keberlakuan pendekatan WKB.