Penelitian  ini  bertujuan  untuk  mengetahui:  1)  pengaruh model pembelajaran   discovery   learning   disertai   scaffolding   terhadap   kemampuan berpikir ilmiah siswa di Kawasan Wisata (KW) Daerah Istimewa Yogyakarta; 2) pengaruh Kawasan Wisata (KW) terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa; 3) interaksi model pembelajaran discovery learning disertai scaffolding dan Kawasan Wisata (KW) terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa.
Data diperoleh dengan membandingkan kemampuan berpikir ilmah siswa kelas ekperimen yang menggunakan model pembelajaran discovery learning disertai Scaffolding dengan kelas kontrol yang menggunakan model pembelajaran ekspositori  pada  materi  sistem  pencernaan.  Pengumpulan  data  menggunakan teknik tes dan non tes. Teknik tes menggunakan soal tes pilihan ganda yang meliputi empat aspek kemampuan berpikir ilmiah yaitu: 1) inquiry; 2) analysis; 3) inference dan 4) argument. Teknik non tes menggunakan LKS peta berpikir siswa dan lembar observasi. Data dianalisis dengan statistik inferensial menggunakan two way anava dengan bantuan SPSS 21.
Hasil penelitian ini menunjukkan terdapat pengaruh model discovery learning  disertai  scaffolding  terhadap  kemampuan  berpikir  ilmiah  di  KW  I (0,000), KW II (0,000) dan KW III (0,004). Terdapat pengaruh KW I (0,001), KW II  (0,006)  dan  KW  III  (0,010)  terhadap  kemampuan  berpikir  ilmiah  siswa. Terdapat interaksi model discovery learning disertai scaffolding dan KW I (0,034) dan KW II (0,019) terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa, sedangkan tidak terdapat  interaksi  model  discovery  learning  disertai  scaffolding  dan  KW  III (0,115) terhadap kemampuan berpikir ilmiah. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa: 1) Terdapat pengaruh model pembelajaran discovery learning disertai scaffolding terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa; 2) Terdapat pengaruh  Kawasan  Wisata  terhadap  kemampuan  berpikir  ilmiah  siswa;  3) Terdapat interaksi model pembelajaran discovery learning disertai scaffolding dan Kawasan Wisata I dan Kawasan Wisata II terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa, sedangkan tidak terdapat interaksi model discovery learning disertai scaffolding dan Kawasan Wisata III terhadap kemampuan berpikir ilmiah siswa.

Kata kunci: model  discovery learning disertai scaffolding,  kemampuan berpikir ilmiah siswa, kawasan wisata, sistem pencernaan