Penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (1) menganalisis bagaimana kondisi bahan ajar sejarah yang dipakai oleh SMA Muhammadiyah 10 surabaya; (2) mendeskripsikan pengembangan bahan ajar sejarah tentang keindonesiaan berbasis pemikiran Syafi’i Ma’arif; dan (3) mendeskripsikan keefektifan bahan ajar sejarah keindonesiaan berbasis pemikiran Syafi’i Ma’arif dalam meningkatkan toleransi  siswa.
Metode penelitian pengembangan (Research and Development/R&D) dari Borg and Gall dengan  model pengembangan ADDIE digunakan dalam penelitian. Langkah-langkah yang meliputi 1) analisis, 2) desain produk, 3) pengembangan produk, 4) implementasi dan 5) evaluasi. Model uji kelayakan dalam penelitiian ini mengunakan model skala Likert 1 sampai 5, dan pengujian efektivitas mengunakan independent sample T test  dengan mengunakan SPSS. Pengumpulan data dilakuakan dengan teknik wawancara dan mengunakan angket.
Hasil yang diperoleh: (1) bahan ajar mengacu pada sekolah, terfokus pada satu buku teks tanpa ada pendamping maupun pengembangan bahan ajar, fasilitas sekolah terkait bahan ajar sejarah  masih minim, kurang memberikan materi tentang pendidikan toleransi, dan guru terlalu mengejar waktu untuk menyelesaikan materi, sehingga perlu adanya bahan ajar dengan penekanan pada toleransi; (2) bahan ajar sejarah keindonesiaan yang disusun berdasarkan enam komponen yang ditentukan, Silabus dan RPP; nilai skor rata-rata 5 dengan kategori “sangat baik”; uji coba satu-satu dengan kategori “sangat baik”, revisi yang hanya sebatas format penulisan; hasil uji coba luas menunjukkan adanya perbedaan nilai rata-rata antara kelompok eksperimen lebih meningkat dibandingkan kelompok kontrol baik dari prestasi maupun sikap toleransi; dan (3) penerapan bahan ajar sejarah Indonesia berbasis pemikiran Syafi’i Ma’arif guna meningkatkan toleransi siswa terbukti efektif. Pada perhitungan statistik didapatkan hasil rerata pos test kelas experimen sebesar 73,03 sedangkan kelas kontrol sebesar 67,90, dan diketahui bahwa dimana thit 3,76 > ttab  2,00 dengan taraf signifikan 0,05 untuk sikap toleransi. Demikian H0 ditolak maka ada perbedaan yang positif dan signifikan.

Kata Kunci: Pemikiran Syafi’i Ma’arif tentang keindonesiaan, Toleransi, Pembelajaran Sejarah