Krisan merupakan salah satu jenis tanaman hias yang cukup populer. Tingginya permintaan pasar menuntut para pemulia untuk menghasilkan jenis- jenis baru yang lebih beragam sesuai prefensi pasar. Salah satu cara untuk meningkatkan keragaman varietas krisan yaitu dengan menggunakan induksi mutasi sinar gamma. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui keragaman krisan hasil iradiasi melalui penanda morfologi dan penanda molekuler ISSR, dan mengetahui korelasi keragaman hasil iradiasi antara penanda morfologi dan penanda molekuler ISSR.
Penelitian ini merupakan jenis penelitian eksperimental menggunakan metode rancangan acak lengkap  (RAL) dengan satu faktor  yaitu dosis iradiasi (0 Gy (kontrol), 10 Gy, 15 Gy, dan 20 Gy). Pengamatan morfologi dilakukan secara kualitatif (daun dan bunga) dan kuantitatif (tinggi tanaman, jumlah daun, panjang daun, lebar daun, diameter batang, diameter bunga, dan jumlah bunga), pengamatan molekuler ISSR dilakukan dengan tahap isolasi DNA, analisis kemurnian DNA,  seleksi  6  primer  ISSR  (835,  836,  846,  847,  846  dan  855), amplifikasi, dan visualisasi hasil PCR. Data kualitatif morfologi diuraikan secara deskriptif,  sedangkan  data  kuantitatif  dianalisis  menggunakan  program  SPSS 15.0, selanjutnya data morfologi dan molekuler ISSR dibuat data biner, diubah menjadi matriks similaritas dan dendogram menggunakan program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) 2.02. Korelasi antara penanda morfologi dan penanda molekuler ISSR dianalisis koefisien korelasi product-moment.
Hasil penelitian pada varietas Dewi Ratih dan Puspita Nusantara menunjukkan bahwa peningkatan dosis iradiasi sinar gamma dapat menghambat pertumbuhan, dan menghasilkan perubahan bentuk, warna pada daun, dan bunga. Data kuantitatif menunjukkan bahwa perlakuan iradiasi sinar gamma berpengaruh terhadap tinggi tanaman, panjang daun, lebar daun, diameter batang, diameter kuntum dan jumlah bunga. Berdasarkan penanda molekuler ISSR pada varietas Dewi Ratih kontrol memiliki keragaman dengan tanaman hasil iradiasi, sedangkan pada varietas Puspita Nusantara kontrol tidak berbeda dengan perlakuan 10 Gy, tetapi berbeda dengan perlakuan 15 Gy dan 20 Gy. Korelasi penanda morfologi dan penanda molekuler ISSR sangat baik pada varietas Dewi Ratih (0,9909) dan Puspita Nusantara (0,9936).