ABSTRAK

Indonesia memiliki rumpun kambing yang beranekaragam, salah satunya yaitu Kambing Jawa Randu. Kambing Jawa Randu adalah kambing dwiguna, berfungsi sebagai kambing pedaging maupun penghasil susu yang baik karena merupakan kambing hasil persilangan antara Kambing Kacang dengan Kambing Peranakan Etawah (PE). Masih sedikitnya informasi genetik terkait dengan Kambing Jawa Randu menyebabkan upaya pemenuhan informasi genetik Kambing Jawa Randu perlu dilakukan. Salah satunya untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar Kambing Jawa Randu maupun dengan beberapa kambing yang ada di dunia melalui DNA. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jarak genetik dan filogenetik Kambing Jawa Randu melalui sekuen daerah Displacement loop (D-loop) DNA mitokondria.
Penelitian ini dilaksanakan pada September 2016 sampai Januari 2017. Sebanyak 12 sampel darah Kambing Jawa Randu diambil dari beberapa peternakan yaitu: di Jatikuwung, Kandang Jurusan Peternakan, Universitas Sebelas Maret Surakarta, kemudian CV. Bumi Nararya Farm, Yogyakarta, dan yang terakhir di CV. Kambing Burja, Malang, Jawa Timur dengan memperhatikan hubungan maternal. Ekstraksi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR) dan elektroforesis gel agarosa dilakukan di Sub. Laboratorium Biologi, Laboratorium Pusat Terpadu Universitas Sebelas Maret Surakarta. Ekstraksi DNA menggunakan prosedur whole blood 300 ?l (Promega Wizard® Genomic DNA Purification Kit,USA) yang telah dimodifikasi. Produk PCR bagian D-loop diamplifikasi pada panjang 778 basepair (bp) dengan primer forward: 5’-CGCTCGCCTACACACAAATA-3’ dan primer reverse: 5’-AATGCCCATGCCTACCATTA-3’. Produk PCR dilakukan running elektroforesis gel agarosa 2% yang mengandung Etidium Bromide (EtBr). Fragmen DNA divisualisasi di bawah sinar ultraviolet. Sekuensing produk PCR bagian D-loop dilakukan oleh PT. Genetika Science Indonesia. Sebanyak 30 sekuen daerah D-loop kambing dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) digunakan sebagai data pembanding untuk mengetahui hubungan kekerabatan antara Kambing Jawa Randu dengan beberapa kambing di dunia. Program MEGA v.6.06 digunakan untuk penjajaran sekuen Kambing Jawa Randu dengan sekuen dari NCBI, jarak genetik dan rekonstruksi pohon filogenetik.
Visualisasi hasil ekstraksi DNA genom menunjukkan fragmen DNA terang tanpa adanya salinan fragmen DNA. Hasil tersebut menunjukkan DNA genom yang telah diekstraksi memiliki konsentrasi yang baik sehingga pada saat amplifikasi primer menempel pada DNA target pada panjang 778 bp. Jarak genetik digunakan untuk mengetahui nilai kekerabatan antar Kambing Jawa Randu. Jarak genetik antar Kambing Jawa Randu memiliki nilai rata-rata 0,003. Jarak genetik antara Kambing Jawa Randu dengan 30 kambing dari beberapa negara adalah sebesar 0,032. Perhitungan jarak genetik menunjukkan kedekatan hubungan antara Kambing Jawa Randu dengan kambing dari Nepal, Laos dan Malaysia dengan rata-rata sebesar 0,003 dan memiliki hubungan kekerabatan paling dekat dengan kambing dari Perancis dan China dengan rata-rata sebesar 0,002 dan ditunjukkan pada rekonstruksi pohon filogenetik bahwa Kambing Jawa Randu berada pada satu maternal (mt) lineage B. Simpulan dari penelitian ini yaitu terdapat hubungan kekerabatan yang dekat antar Kambing Jawa Randu. Kambing Jawa Randu juga memiliki kedekatan dengan kambing dari beberapa negara dan yang terdekat dengan Kambing Jawa Randu adalah kambing dari Perancis dan China.

Kata kunci: Kambing Jawa Randu, mtDNA, D-loop, jarak genetik, filogenetik