ABSTRAK

Salak Pondoh memiliki rasa manis, kulit coklat kehitaman, dan daging tidak terlalu tebal. Salak Gading memiliki rasa sepat, kulit kuning, dan daging tebal. Hukum Mendel 2 menyatakan bahwa dua tetua heterozigot yang disilangkan akan menghasilkan keturunan dengan kombinasi gen secara bebas. Persilangan salak Pondoh dan Gading akan menghasilkan keturunan dengan kombinasi gen acak. Penelitian ini diharapkan dapat menemukan varietas salak yang memiliki rasa manis, kulit kuning, dan daging tebal dari hasil persilangan tersebut. Analisis DNA dilakukan pada penelitian ini untuk memperoleh data yang akurat hanya dalam waktu yang singkat. Terdapat dua tahapan analisis DNA, yaitu isolasi dan amplifikasi DNA. Penelitian ini memodifikasi metode isolasi dan protokol amplifikasi DNA yang telah ada, kemudian menganalisa setiap perbedaan di dalamnya. Tujuan penelitian adalah untuk memperoleh metode isolasi DNA yang lebih cepat, mudah, murah, dapat menghasilkan DNA yang baik, dan untuk memperoleh protokol amplifikasi DNA yang dapat menghasilkan pita DNA paling jelas. Tujuan utama adalah menemukan varietas salak yang lebih unggul. Penelitian dilaksanakan dari bulan Maret sampai Agustus 2017. Penelitian dilaksanakan di tiga lokasi, yaitu di Kebun Koleksi Salak Nusantara Dusun Candi Bangunkerto Turi Sleman Yogyakarta, di Jalan Pucang Sawit RT 3 RW 2 Jebres Surakarta, dan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada. Salak Pondoh dan Gading disilangkan, keturunan hasil persilangan ditanam. Analisis genetika menggunakan PCR-RAPD dilakukan pada sampel untuk mengetahui keragaman geneitika. Isolasi DNA salak dilakukan dengan empat metode yang berbeda. Perbedaannya terletak pada penambahan PVP, komposisi buffer ekstraksi, inkubasi, penambahan CIA, penambahan sodium asetat, serta pencucian pelet DNA. Amplifikasi DNA salak menggunakan sepuluh protokol yang berbeda. Perbedaannya terletak pada konsentrasi DNA, primer, suhu, siklus, dan waktu pradenaturasi sampai post elongasi. Isolasi dan amplifikasi DNA sangat mempengaruhi keberhasilan analisis genetika salak. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolasi DNA salak dengan komposisi buffer ekstraksi 100 mM Tris pH 9,0 10 ml; 1,4 M NaCl 28 ml; 20 mM EDTA 4 ml; 2% CTAB 20 ml; ?-mercaptoethanol 0,1 ml; dan H2O 38 ml; pemberian CIA lebih banyak, penambahan sodium asetat, serta pencucian pelet DNA dengan etanol 70% menghasilkan DNA dengan kualitas dan kuantitas yang paling baik. Amplifikasi DNA menggunakan primer OPA-16 [50], pradenaturasi 95,0oC           3 menit; denaturasi 95,0oC 15 detik; annealing 38,5oC 15 detik; ekstensi 72,0oC  1 menit, post elongasi 72,0oC 5 menit, dan 45 siklus menghasilkan pita DNA paling baik. Hasil persilangan salak Pondoh dan Gading yang dianalisis dalam penelitian ini bukan termasuk varietas unggul. Diasumsikan bahwa varietas unggul terdapat pada salah satu sampel yang belum berhasil dianalisis.

Kata Kunci :Salak Pondoh