Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui (1) Pemerintah Balatentara Jepang yang menggunakan agama sebagai kebijakan politik di Jawa dan di Flores, (2) dampak kebijakan Pemerintah Balatentara Jepang terhadap masyarakat Islam di Jawa, (3) serta dampak kebijakan Pemerintah Balatentara Jepang terhadap masyarakat Katolik di Jawa dan di Flores.
Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode sejarah, meliputi heuristik, kritik sumber (kritik intern dan kritik ekstern), interpretasi dan historiografi. Sumber penelitian ini didapatkan dari arsip, surat kabar dan majalah yang sezaman dengan tema dan buku-buku yang membahas tentang pendudukan Jepang terutama dalam hal keagamaan. Data yang terkumpul kemudian akan dikritik secara intern dan ekstern dengan dipadukan dengan studi pustaka sehingga menghasilkan fakta-fakta sejarah. Fakta tersebut kemudian dianalisis dan disusun dalam sebuah historiografi.
Berdasarkan analisis dari berbagai sumber yang telah didapat bahwa Jepang telah mempunyai strategi dengan tujuan untuk dapat masuk dengan mudah di wilayah Indonesia. Salah satu strategi politiknya adalah menggunakan propaganda agama. Kebijakan politik Jepang di Jawa terlihat sangat dekat dengan dunia Islam dan memusuhi umat Katolik karena dianggap sebagai kaki tangan Sekutu. Di Flores, Jepang bersedia untuk berkompromi dengan umat Katolik disana.
Kesimpulan dari penelitian ini adalah Jepang berhasil menggunakan agama sebagai kebijakan politik yang bertujuan untuk memobilisasi massa Islam demi kepentingan perang. Islam dianggap sebagai suatu kekuatan yang strategis untuk menghancurkan musuh Sekutu yang beragama Katolik/Protestan. Dampak dari dukungan kebijakan bagi umat Islam oleh Jepang adalah terjadinya peningkatan kehidupan beragama Islam dan majunya Islam dalam segi politik. Bagi umat Katolik di Jawa, terjadi penurunan dalam kehidupan beragama karena Jepang cenderung menekan dan membatasi misi. Di Flores, umat Katolik berada pada situasi yang lebih kondusif karena kebijakan yang berbeda antara Jawa dan Flores.

Kata kunci: Islam, Katolik, Penjajahan Jepang, Propaganda.