Penelitian ini bertujuan untuk: 1) Mendeskripsikan kesalahan yang dilakukan siswa akademik atas dan siswa akademik bawah pada proses penyelesaian masalah materi epistasis dominan, 2) Mendeskripsikan teknik dan level scaffolding yang dibutuhkan siswa akademik atas dan siswa akademik bawah untuk menyelesaikan masalah materi epistasis dominan, 3) Mendeskripsikan perbedaan waktu scaffolding yang dibutuhkan siswa akademik atas dan siswa akademik bawah untuk menyelesaikan masalah materi epistasis dominan, 4) Mendeskripsikan perubahan proses penyelesaian masalah siswa akademik atas dan siswa akademik bawah sebelum dan sesudah diberi scaffolding pada materi epistasis dominan.
Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif eksploratif dengan menggunakan strategi think aloud. Penelitian dilakukan di MAN 1 Cilacap. Penentuan subjek menggunakan purposive random sampling pada kelas XII yang telah mempelajari materi pewarisan sifat. Subjek penelitian dipilih secara acak terdiri dari 3 siswa akademik atas (SAA) dan 3 siswa akademik bawah (SAB) dengan pertimbangan hasil jawaban tertulis dan kemampuan komunikasi. Data penelitian diperoleh dengan memberikan permasalahan materi epistasis dominan, melakukan Think Aloud, dan wawancara (scaffolding). Teknik analisis data terdiri dari pembuatan transkrip Think Aloud, menelaah seluruh data, mereduksi data yang tidak dibutuhkan, membuat pengkodean, pembuatan alur skema proses penyelesaian masalah sebelum dan sesudah pemberian scaffolding, menganalisis proses penyelesaian masalah setiap subjek, menguji validitas data dengan uji triangulasi waktu dan triangulasi sumber, terakhir membuat kesimpulan.
Hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa: 1) Kesalahan paling banyak dilakukan SAA dan SAB pada proses penyelesaian masalah epistasis dominan adalah kesalahan memahami masalah, kesalahan keterampilan proses, dan kesalahan kecerobohan, 2) SAA dan SAB membutuhkan scaffolding level 2, teknik yang dibutuhkan SAA dan SAB hampir sama terdiri dari teknik explaining, teknik looking, touching, and verbalizing, teknik  prompting and probing, teknik students explaining and justifying, teknik interpreting students’ action and talk, teknik parallel modelling, teknik simplifying the problem dan teknik rephrasing students’ talk, 3) Setiap siswa membutuhkan waktu scaffolding yang berbeda-beda, SAA dan SAB menujukkan penurunan waktu scaffolding setelah memperoleh scaffolding pertama, 4) SAA dan SAB mengalami perubahan proses penyelesaian masalah setelah scaffolding yakni mengalami penurunan jumlah kesalahan dan membutuhkan waktu dan jumlah scaffolding yang lebih sedikit.

Kata kunci : EPISTASIS DOMINAN, proses penyelesaian masalah, kemampuan akademik, scaffolding, ZPD (Zone of Proximal Development).