Kesemek merupakan salah satu tanaman buah yang berpotensi ekonomi untuk dikembangkan di Indonesia karena mempunyai kandungan antioksidan tinggi sehingga kesemek dapat dimanfaatkan sebagai bahan baku obat. Namun ketersediaan   informasi   genetik   yang   masih   terbatas   menyebabkan   potensi kesemek belum dieksplorasi secara optimal sehingga pembudidayaan kesemek tidak dilakukan secara tepat karena ketidaktahuan masyarakat sekitar mengenai khasiat kesemek. Oleh sebab itu, upaya pelestarian  kesemek dengan menyediakan informasi genetik diperlukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan dan keragaman genetik yang berpengaruh terhadap produktivitas kesemek. Analisis molekuler kesemek menggunakan metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) dari tujuh kombinasi primer Pst1 (P11) dan Mse1 (M48, M49, M50, M51, M53, M55, M58) hanya terdapat tiga kombinasi primer yang cocok untuk mendeteksi kesemek. Ketiga primer tersebut yaitu P11-M48, P11- M49, dan P11-M51 berhasil mendeteksi 116 pita polimorfik dan 30 pita monomorfik. Pita DNA hasil amplifikasi diskoring berdasarkan kehadiran pita DNA (1) dan tidak ada pita DNA (0) kemudian dianalisis dengan perangkat lunak NTSYS 2.02 menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Averages). Pita DNA hasil amplifikasi mampu mengidentifikasi empat sampel kesemek yang berasal dari Jawa Tengah (Boyolali) dan Jawa Timur (Batu dan Malang) tidak berasal dari spesies yang sama dengan koefisien kemiripan sebesar 0,56. Keberadaan pita DNA spesifik berukuran 50 bp, 100 bp, dan 204, 200 bp yang terdeteksi pada ketiga primer keempat sampel kesemek yang berasal dari Jrakah, Gebyok, Batu, dan Dampit  memiliki pengaruh terhadap daya regenerasi pembibitan yang lebih baik. Upaya pembibitan kesemek menggunakan tunas akar bertujuan untuk mengoptimalkan pembudidayaan kesemek dengan memodifikasi iklim mikro. Akan tetapi, hasil pembudidayaan tunas akar kesemek tidak sesuai dengan harapan. Tunas muncul pada umur 3-4 minggu setelah tanam, dan setelah itu tunas yang muncul mulai terbakar. Hal ini menunjukkan  bahwa  pembudidayaan  kesemek  tidak  dapat  dilakukan  secara optimal dilingkungan yang tidak sesuai dengan habitat aslinya.

Kata kunci: Kesemek, genetik, pembudidayaan, tunas akar.