Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui dan menganalisis implementasi kewenangan penyidikan tindak pidana narkotika saat ini untuk mengusulkan  rekonstruksi kewenangan penyidikan tindak pidana narkotika sesuai dengan sistem peradilan pidana terpadu demi mewujudkan kepastian hukum.
Penelitian ini merupakan penelitian non dokrinal. Analisis data menggunakan metode kualitatif, menganalisis data yang didasarkan pada peraturan perundang-undangan secara sistematis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penyidikan tindak pidana narkotika saat ini perlu direkonstruksi dimana kewenangan penyidikan tindak pidana narkotika yang sebelumnya hanya dilakukan oleh lembaga Kepolisian, tetapi saat ini melalui Undang-Undang Nomor 35 Tahun 2009 Tentang Narkotika, Badan Narkotika Nasional diberikan kewenangan yang baru yaitu kewenangan penyidikan tindak pidana narkotika meskipun lembaga ini tidak termasuk dalam subsistem peradilan pidana di Indonesia. Hal ini berimplikasi menimbulkan masalah masalah baru dalam penyidikan tindak pidana narkotika antara lain dualisme penegakkan hukum, tumpang tindih kewenangan, dan masalah kepastian hukum terkait upaya penyidikan tindak pidana narkotika.
Dalam penelitian ini juga menganalisis faktor-faktor hambatan untuk mewujudkan sistem peradilan pidana terpadu dari aspek hambatan substansi hukum berupa permasalahan pada Undang-Undang Narkotika, lalu aspek hambatan struktur hukum berupa permasalahan terkait lemahnya koordinasi antara BNN dengan POLRI dalam penyidikan tindak pidana narkotika, dan aspek hambatan budaya hukum berupa egosektoral yang terjadi antar POLRI dengan BNN. Berdasarkan permasalahan tersebut, penelitian ini memberikan rekomendasi model penyidikan tindak pidana narkotika dengan Negara Singapura menjadi role model  yang sesuai dengan sistem peradilan pidana terpadu di Indonesia yaitu mengembalikan kewenangan penyidikan tindak pidana narkotika kembali kepada marwahnya semula yaitu Kepolisian sebagai pihak yang berwenang dalam melakukan penyelidikan dan penyidikan sesuai hukum formil yang telah berlaku di Indonesia selama ini, selanjutnya Badan Narkotika Nasional merupakan lembaga yang bewenang dalam melaksanakan fungsi preventif, advokasi, dan rehabilitasi bagi pecandu narkotika.

Kata kunci    : Penyidikan, Tindak Pidana Narkotika, Peradilan Pidana Terpadu, kepastian hukum