Produktivitas pertanian sangat dipengaruhi oleh lapisan tanah atas (topsoil), karena hal tersebut berkaitan erat dengan kesuburan tanah. Adanya aktivitas penambangan bahan batu bata pada lahan sawah di Dusun Mayungan, Desa Potorono, Kecamatan Banguntapan, Kabupaten Bantul, Yogyakarta menyebabkan tanah miskin kandungan bahan organik dan unsur hara esensial seperti fosfor (P) serta mengakibatkan kehidupan bakteri pelarut fosfat (BPF) terganggu, sehingga dilakukan upaya perbaikan berupa pemberian amelioran (ameliorasi). Ameliorasi dengan biochar tempurung kelapa, ampas tebu, dan kotoran sapi sebanyak masing-masing 15 ton/ha pada 1, 2 dan 3 bulan sebelum musim tanam (MT) I mampu meningkatkan C-organik, P-tersedia dan KTK tanah pada MT I. Bahan amelioran yang digunakan mempunyai pengaruh yang lama pada tanah dikarenakan C/N rasionya yang tinggi, sehinga perlu dikaji lebih lanjut bagaimana pengaruh nya pada MT II. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh ameliorasi dengan waktu inkubasi berbeda terhadap kepadatan populasi bakteri pelarut fosfat (BPF), P-tersedia, dan produktivitas padi, serta hubungannya terhadap masing-masing variabel pengamatan. Penelitian dilaksanakan pada bulan Maret - Desember tahun 2019, menggunakan rancangan acak kelompok lengkap (RAKL) dengan 2 faktor, yaitu: 1) jenis amelioran (A): kontrol (A0), biochar tempurung kelapa (A1), ampas tebu (A2), kotoran sapi (A3); 2) waktu inkubasi (I) : 1, 2 dan 3 bulan sebelum MT I (I1, I2 dan I3); yang diulang sebanyak 3 kali. Hasil penelitian menunjukkan pemberian amelioran biochar tempurung kelapa mampu meningkatkan P-tersedia tanah sebesar 156,89% dan produktivitas padi sebesar 27,91% (pada I3). Kepadatan populasi BPF merupakan variabel penentu peningkatan P-tersedia tanah namun tidak terhadap produktivitas padi.