Penambangan emas rakyat menghasilkan limbah yang berpotensi merusak lingkungan hidup. Limbah tersebut mengandung Bahan Beracun Berbahaya (B3) diantaranya adalah logam berat seperti Merkuri (Hg). Aktivitas penambangan emas dapat menghasilkan merkuri sebanyak 10.000 ton / tahun. Lingkungan yang tercemar oleh Merkuri dapat membahayakan kehidupan makhluk hidup karena Merkuri masuk ke dalam tubuh melalui siklus rantai makanan. Bahaya penyakit yang ditimbulkan oleh senyawa Merkuri diantaranya adalah kerusakan rambut, gigi, hilang daya ingat dan terganggunya sistem saraf. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji karakter bakteri indigenous hasil isolasi dari lahan tercemar Merkuri dalam mereduksi Merkuri dan mengkaji potensi bakteri indigenous, dan Agrobacterium sp. I37 dalam mempengaruhi penyerapan Merkuri oleh Biduri. Penelitian ini merupakan kombinasi penelitian deskriptif eksploratif dan eksperimen dengan rancangan percobaan faktorial dan rancangan dasar Rancangan Acak Lengkap (RAL) banyaknya faktor ada 2 yaitu : Agen bioremediator (A) dengan perlakuan yaitu A0 (Tanpa agen bioremediator), A1 (Dengan agen bioremediator bakteri indigenous), A2 (Dengan agen bioremediator Agrobacterium sp. I37) dan dosis Merkuri (D) dengan perlakuan yaitu D0 (Tanpa Merkuri 0 µg.g-1 ), D1(Dengan dosis Merkuri 0,3 µg.g-1 , D2 (Dengan dosis Merkuri 5,15 µg.g-1 ). Hasil penelitian menunjukkan bahwa Bakteri indigenous (isolat bakteri A3) merupakan gram negatif yang tumbuh optimal pada media dengan penambahan NaCl 10%, pada suhu 270C, dan pH 9. Terdapat reaksi negatif pada pengamatan produksi asam dari glukosa, produksi indol, dan reaksi positif terhadap oksidasi, katalase dan motilitas. Berdasarkan pohon filogenetik dengan urutan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat bakteri A3 berkerabat dekat dengan Sphingosinicella microcystinivorans dengan Query coverage 100% dan maximum identity 99,56%. Bakteri indigenous (A1) mampu meningkatkan serapan total sebesar 42,70 µg atau 73,02% lebih tinggi dibandingkan kontrol dan 31,61% lebih tinggi dibandingkan Agrobacterium sp I 37 (A2). Agen bioremediasi mampu meningkatkan serapan Merkuri (Hg). Bakteri indigenous lebih baik daripada Agrobacterium sp I 37 dengan serapan tertinggi pada perlakuan bakteri indigenous + dosis Merkuri 0,3 µg (A1D1) sebesar 57,19 µg atau 96,31% lebih tinggi dibandingkan kontrol